Выравнивания. Работа с программой GeneDoc

1. Построение выравнивания двух коротких искусственных последовательностей

   С помощью редактора FAR создан файл first_aln.txt.В нём содержится выравнивание двух последовательностей: первые 60 букв из последовательности белка BioA_ECOLI и её искуственно измененный вариант, созданный преподавателем. Выравнивание сохранено в файле first_aln.txt.

   MTTDD L A FD Q ~~~~~~~~ RHIWHP Y TSMTS ~~ PLPVYPVVSAEGCELILSDGRR ~~~~ LVD ~~~~~~~~ GMSSWWAAIH ~~~~~~~~~~~~~~~ G ~~
   MTTDD R A ~~ Q VDIWFFDQ RHIWHP W TSMTS SD PLPVYPVVSAEGCELILSDGRR ARPT LVD IWFAWCQF GMSSWWAAIH QEVQVHWELVDNITV G MN
   

2. Вычисление "веса" выравнивания

   К полученному выравниванию была добавлена строка, содержащая +, если аминокислоты совпали, –, если нет, и ~, если хотя бы в одной из последовательностей содержится гэп.

   MTTDD L A FD Q ~~~~~~~~ RHIWHP Y TSMTS ~~ PLPVYPVVSAEGCELILSDGRR ~~~~ LVD ~~~~~~~~ GMSSWWAAIH ~~~~~~~~~~~~~~~ G ~~
   MTTDD R A ~~ Q VDIWFFDQ RHIWHP W TSMTS SD PLPVYPVVSAEGCELILSDGRR ARPT LVD IWFAWCQF GMSSWWAAIH QEVQVHWELVDNITV G MN
   +++++ - + ~~ + ~~~~~~~~ ++++++ - +++++ ~~ ++++++++++++++++++++++ ~~~~ +++ ~~~~~~~~ ++++++++++ ~~~~~~~~~~~~~~~ + ~~
   

   Вес выравнивания вычисляется по формуле: W = M – X – G,

   где M — число позиций выравнивания, в которых обе буквы одинаковы; X — число позиций выравнивания, в которых буквы разные, G — число гэпов. Значение веса выравнивания записано в файел first_aln.txt ниже самого выравнивания. получившееся значение веса выравнивания, скорее всего, увеличить нельзя, так как последовательности достаточно короткие, и вторая последовательность получена изменением первой. Во время того, как я делала выравнивание этих последовательностей, я нашла и исправила у себя в выравнивании 2 ошибки, поэтому можно расчитывать, что вес 11 наибольший, что можно получить.

3. Построение выравнивания двух реальных последовательностей

   С помощью редактора GeneDoc построено выравнивание аминокислотных последовательностей: белка BioA_ECOLI и его гомолога BIOA_BUCAI из генома Buchnera aphidicola subsp. Acyrthosiphon pisum (Acyrthosiphon pisum symbiotic bacterium), так как в Vibrio cholerae и Yersinia pestis гомолога не нашлось. Результат выравнивания сохранен в файле second_aln.msf.