Доменная структура белка BioA_ECOLI

Зеленым отмечено положение домена Aminotran_3 из PfamA и разноцветным "необработанные" домены из PfamB.

Пространственная структура белка BioA_ECOLI

Домен Aminotran_3 отменчен зеленым (общий вид). Серым обозначена остальная часть белка BioA_ECOLI, в ней находятся домены из PfamB.

Домен Aminotran_3: общий вид, вид снизу, вид сбоку.

Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности BioA_ECOLI
PF00202	Aminotran_3	Аминотрансфераза класса III	с 28й по 372ю аминокислоту

Подробное описание домена PF00202

1. Описание домена Aminotran_3

   Аминотрансферазы могут иметь характерные черты, сближающие их с другими перидоксилфосфат-зависимыми ферментами, такое как ковалентное связывание перидоксилфосфатных групп с остатком лизина. На основе схожести аминокислотных последователностей, различные энзимы могут быть сгруппированы в подсемейства. Одно из которых , называемое класс-III, включает в себя:

   • ацетилорнитин аминотрансферазы (acetylornithine aminotransferase). Эта группа ферментов , которая катализирует перенесение амино-группы от ацетилорнитина( acetylornithine) к альфакетоглутарату (alpha-ketoglutarate), дающий N-ацетил-глутамин-5-альдегид и глутаминовую кислоту(N-acetyl-glutamic-5-semi-aldehyde и glutamic acid);
   • Орнитин аминотрансферазы( ornithine aminotransferase), которые катализируют перенос амион-группы от орнитина к альфа-кетоглутарату, давая глутамин-5альдегиду (glutamic-5-semi-aldehyde) и глутаминовой кислоты glutamic;
   • Омега-амино-пируват аминотрансферазы(omega-amino acid--pyruvate aminotransferase), которые катализируют реакцию переаминирования среди множества омега-аминокислот( omega-amino acids), моно- и диаминов, и пируватов;
   • 4-аминобутират аминотрансферазы(4-aminobutyrate aminotransferase = GABA transaminase), которые катализируют перенос амино-группы от GABA к альфа-кетоглутарату, давая сукцинат семиальдегида и глутаминовую кислоту;
   • DAPA аминотрансфераза (DAPA aminotransferase),бактериальный фермент (bioA), который катализирует промежуточный процесс при биосинтезе биотина, реакцию переаминирования 7-keto-8-aminopelargonic кислоты в форму 7,8-diaminopelargonic кислоту;
   • 2,2-диалкилглицин декарбоксилаза( 2,2-dialkylglycine decarboxylase), это фермент Pseudomonas cepacia (dgdA) ; Глутамат-1-семиальдегид трансфераза(glutamate-1-semialdehyde aminotransferase) (GSA);
   • Аминотрансферазы Bacillus subtilis yhxA and yodT;
   • Аминотрансферазы Haemophilus influenzae -HI0949;
   • Аминотрансферазы Caenorhabditis elegans -T01B11.2.

2. Белки с доменом Aminotran_3

   Домен Aminotran_3 присутствует в 1665 белках.

3. Присутствие домена Aminotran_3 в организмах различных таксонов

   Таксон		Количество белков с доменом PF00202
   Эукариоты	Растения	50
   	Грибы	127
   	Животные	80
   Бактерии		1303
   Археи		93

4. Доменная архитектура

   Домен Aminotran_3 — единственный домен в белке, встречается гораздо чаще чем, домен Aminotran_3 в сочетании с другими доменами. Домен Aminotran_3 единственный домен в белке только в 1587 белках, а белков, в которых домен Aminotran_3 не единственный — 71.

   Домен Aminotran_3 в дублированном виде встречается в 34 белках. Например, Q5KMS7_CRYNE (аденозилметионин-8-амино-7-оксононаноат трансаминаза, предполагаемый)

   Случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из доменов Aminotran_3, не известны.