Протокол для занятия 6.
Получившееся виравнивание:
MTTD-
GTADH
.+.+-
Общий вес выравнивания равен сумме значений таблицы (matrix.xls) по пути выравнивания, 
в моём случае -1, что совпадает весом, высчитываемым обычным образом.