Матрицы весов аминокислотных замен

Изучение матрицы BLOSUM62

В книгу blosum62.xls импортирована матрица BLOSUM62. Строки и столбцы расположены по группам:

A,G,S,T
N,D,E,Q
K,R,H
M,I,L,V
F,Y,W
P
C

Строки, относящиеся к разным группам, выделиys разными цветами.

Для двух групп, состоящих более чем из 1 аминокислоты каждая, вычислин средний вес замен между разными аминокислотами внутри группы и между группами.

Средний вес замен между разными аминокислотами в в группе положителен или равен нулю, это говорит о родственности аминокислот в группе. Средний же вес замен между разными аминокислотами между группами отрицателен, что говорит о том, что аминокислоты в группа не являются родственными.

Вычисление весов замен аминокислот на основе одного "блока"

На сайте базы данных BLOCKS проведен поиск блоков, относящихся к белку BIoA_ECOLI. Найденный блок сохранен в файле blocks.dat. С помощью программы pairs_count.exe получена таблицу количеств различных пар аминокислот в данном блоке. На основе полученных количеств пар рассчитайте веса аминокислотных замен для трех пар аминокислот. Для этого выберите три аминокислоты. Первая пара аминокислот — это первая из выбранных аминокислот сама с собой, а две другие пары — первая со второй и первая с третьей. Сравните рассчитанные значения с соответствующими из матрицы blosum62. Результаты вычислений и сравнения занесите в файл отчета. Необходимо провести:

расчет частот встречаемости каждого аминокислотного остатка в данном блоке;
расчет частот встречаемости выбранных аминокислотных пар в данном блоке;
вычисление отношения Qij/(Pi*Pj), где Qij - частота втречаемости данной пары, Pi и Pj - индивидуальные частоты встречаемости аминокислотных остатков данной пары в блоке;
логарифмирование выражения, привиденного выше;
полученный результат - вес замены.

Для оценки различий полученных результатов с данными blosum62 вычитаем из полученных значений данные для соответствующих пар из blosum62.