Поиск сходных нуклеотидных последовательной, не кодирующих белки

1. Определите, какая тРНК была использована рибосомой при присоединении 6-ого аминокислотного остатка к растущей цепи Вашего белка

   Поиск и выбор т-РНК

   Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка BioA_ECOLI	Asp (Aspartic Acid, Аспарагиновая кислота)
   Соответствующий кодон в гене bioA	5'-GAC-3'
   Идеальный антикодон	5'-GUC-3'
   Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка D, если опираться на генетический код?	2 GUC GUT Нашелся единственный антикодон GUC.
   Сколько разных тРНК для остатка D аннотировано в геноме кишечной палочки?	Нашлость 3 гена с одинаковым антикодоном GUC. Для дальнейшего исследования выбран ген aspU.
   Характеристика тРНК:
   имя гена	aspU
   локализация гена в геноме	228928..229004 (locus_tag="b0206")
   распознаваемый кодон	5'-GAY-3'
   антикодон	5'-GUC-3'
   Результат поиска всех лейциновых тРНК у Escherichia coli K-12	FT /note="codons recognized: GAY; anticodon: GUC aspartate
   Последовательность найденной тРНК из записи EMBL
   ggagcggtagttcagtcggttagaatacctgcctgtcacgcagggggtcgcgggttcgagtcccgtccgttccgcca

   Использовавшиеся команды:

   grep "codon.*aspartate" ecoli.embl>result.txt

   для получения записей о лейциновой тРНК в документе result.txt

   seqret ecoli.embl -sask

   для извлечения последовательности нужной тРНК

2. Поиск гомологичных тРНК в родственном геноме

   Задача — найти в геноме Bacillus subtilis последовательность, наиболее похожую на последовательность тРНК из E.coli, выбранную в упр. 1. Поиск ведется с помощью 4-х разных программ для быстрого поиска сходных нуклеотидных последовательностей.

   Таблица 2. Поиск гомологичной т-РНК

   Программа	FASTA	BLASTN	MegaBLAST	discontiguous MegaBLAST
   Длина якоря	6	11	28	11 или 12, только значимые нуклеотиды
   Результаты поиска	-	10	ничего не найдено	5
   Число находок с E-value < 0,01	-	5	-	5
   Характеристика лучшей находки:
   AC лучшей находки	-	Z99124	-	Z99108
   E-value	-	4e-24	-	4e-24
   длина выравнивания	-	65	-	65
   вес выравнивания	-	105 bits (53)	-	65.9 bits (33)
   координаты в геноме	-	143261..143197	-	137711..137775
   Аннотация лучшей находки по записи EMBL:
   имя гена	-	trnY-Asp	-	trnD-Asp
   это тРНК?	-	да	-	да
   это тоже тРНК аспарагиновой кислоты?	-	да	-	да

   Использовавшиеся команды:

   • formatdb -i bs_genome.fasta -n bs -p F

     для создания БД по геному Bacillus subtilis

   • blastall -p blastn -d bs -i Asp.fasta -o blastn.fasta

     для получения данных работы программы BLASTN

   • entret embl:Z99124 -auto

     для получения соответствуйщей записы EMBL для находки

   • megablast -d bs -i Asp.fasta -o megablast.fasta -F m -D 2

     для получения данных работы программы MEGABLAST

   • megablast -d bs -i Asp.fasta -o dmegablast.fasta -t 16 -W 11 -N 1 -D 2

     для получения данных работы программы discontiguous MEGABLAST, с параметрами wordsize=11, длинной шаблона 16 и параметром -N 1 для некодирующей последовательности

   Ничего не было найдено программой Fasta и программой MEGABLAST, так как ее якорь оказался слишком большим для сравнительно маленькой последовательности тРНК. Почти одинаковые результаты выдали программы BLASTN и discontiguous MEGABLAST. Обе программы нашли тРНК аспарагиновой кислоты, но найденныегены имеют разные названия. Более точной можно считать программу discontiguous MEGABLAST, так как она выдала только находки с E-value < 0,01, то есть не находит очень мало вероятных находок.