Классификация функций. Коды ферментов

Что значит заданный код фермента?

Расшифровка заданного кода:

• EC 2 Transferases (Трансферазы)
•  EC 2.7 Transferring phosphorus-containing groups (Перенос фосфор-содержащих групп)
•   EC 2.7.4 Phosphotransferases with a phosphate group as acceptor (Перенос фосфор-содержащих групп, где в качестве акцептора выступает фосфатная группа)
•    EC 2.7.4.14 cytidylate kinase (Киназа цитидиловой кислоты)

Трансферазы– ферменты, которые способны переносить функциональную группу (например, метильную или гликозильную группу) от одной (рассматривается как донор) к другой (рассматривается как акцептор) молекуле. Классификация трансфераз основана на схеме описания "донор-акцептор". При этом аминотрансферазы выделяют в отдельный подкласс EC 2.6.

Сравнение последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

C помощью SRS по заданному коду найдены в UniProt все ферменты из 3-х хорошо изученных модельных организмов - кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека.
Запрос выглядел следующим образом:

((([uniprot-EntryName:*_Ecoli] |  [uniprot-EntryName:*_Human]) |  [uniprot-EntryName:*_Metja]) & [uniprot-ECNumber:2.7.4.14]) 

Всего по запросу найдены 4 записи, 3 из найденых белков имеют название гена, они и рассматривались дальше.

Сравнение доменной структуры ферментов из далеких организмов

	UniProt ID	UniProt AC	Имя гена	Данные домена
				Идентификатор Pfam	Положение в последовательности	Название домена
1	KCY_ECOLI	P0A6I0	CMK	PF02224	61-218	Cytidylate_kin(Cytidylate kinase region)
2	KCY_HUMAN	P30085	CMPK	PF00406	16-172	ADK(Adenylate kinase)
3	KCY_METJA	Q58071	CMK	Нет соответствующего домена в Pfam	-	-

Домены оказались не гомологичны. В данном случае это пример того, когда негомологичные домены осуществляют одну и ту же реакцию.