Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO


Результаты поиска термина в словарях GO
• заданное описание локализации - митохондриальная цепь переноса электронов;
• выбранный термин GO и его идентификатор - mitochondrial electron transport chain (GO:0005746);
• название онтологии GO и его перевод на русский - клеточный компонент;
• определение термина - Комплексы белка, которые образуют митохондриальную систему переноса электронов (дыхательную цепь). Комплексы I, III и IV, встроенные в клеточную мембрану такую как неповрежденная внутренняя мембрана митохондрий, способны транспортировать протоны.



Описание функции белка BioA_ECOLI GOA

	Онтология GO (имя)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	-	0	-
Зачем, для чего?	Биологический процесс (process)	1 (даны 2 ссылки)	процесс биоисинтеза витамина Н
Молекулярный механизм?	Молекулярная функция (function)	4 (дано 6 ссылок)	активность трансаминазы 7, 8-диамино-пеларгоновой кислоты; трансаминазная активность; трансферазная активность; связывание пиридоксальфосфата
Специфичность?	Молекулярная функция (function)	2 (даны 2 ссылки)	Связывание пиридоксальфосфата

Создание больших выборок белков с определенными функциями

Протеом Arabidopsis thaliana. Результаты поиска в UniProt, 29.05.2007 г.


	Количество записей	Запрос
Всего	49890	(([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	4842	((([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]))
В том числе относящиеся к митохондриальной цепи переноса электронов	1	(((([uniprot-Organism:Arabidopsis] & [uniprot-Organism:thaliana]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005746])
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS)	0	((((([uniprot-Organism:Arabidopsis] & [uniprot-Organism:thaliana]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005746]) & ([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:IC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI:*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI:*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS:*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:ND:*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA:*]) ! [uniprot-DBxref_:NR:*]))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS)	0	((((([uniprot-Organism:Arabidopsis] & [uniprot-Organism:thaliana]) | [uniprot-Organism:Arabidopsis thaliana]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005746]) & ([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*]))


Всего по протеому Arabidopsis thaliana было найдено достаточно много записей в UniProt, то есть протеом достаточно хорошо описан. При чем идентификаторы всех 3-х онтологий GO имеют только половина находок. При этом к митохондриальной цепи переноса электронов относятся всего лишь 3 записи, что составляет очень малую часть от всего количества записей. Все записи, локализованные в митохондриальной цепи переноса электронов, имеют код доказательства IEA (Inferred by electronic annotation). Скорее всего такие результаты обусловлены функциями белков, относящихся к митохондриальной цепи переноса электронов.