Практикум 11

AC: PF00240
Summary name: Ubiquitin family

Опиcание максимального блока достоверного выравнивания,включающий фрагменты из всех последовательностей

Блок является достоверным, так как в нем отсутствуют гэпы. Единственный блок, в котором первая позиция консервативна, а в последней позиции только две аминокислоты отличаются. Блок максимален, так как его нельзя расширить без потери достоверности, а другие блоки, имеют менее консервативные граничные позиции и гэпы. МДБ-all - колонки: 54-58. На участке три консервативные колонки 54: [LVFIW], 55: [LVFIM] (80 из 89), 58: G (87 из 89).
МДБ-all

Описание максимально достоверного блока, включающий фрагменты не из всех последовательностей

Блок МДБ-notAll получен из МДБ-all путём сортировки по наиболее консервативным колонкам 54, 55 и 58 МДБ-all (Select, Make groups for selection). Далее были выбраны последовательности так, чтобы 54, 55 и 58 позиции были 100% консервативны. МДБ-notAll - колонки: 54-58, последовательности:1-49. Три 100% консервативные колонки 54:[LVFIW], 55:[LVFIM], 58:G. Участок был отсортирован по 54, 55 и 58 колонкам. В 54 колонке: пос-ти: 1-33, (аа: L); пос-ти: 34-38 (аа:F); пос-ти: 39-44, (аа:V); пос-ти: 45-48, (аа:I); пос-ть: 49, (аа:W).
МДБ-notAll

Участок выравнивания, на котором нет оснований считать, что выравнивание отражает ход эволюции.

Колонки: 37-40, последовательноти: 1-59. В колонках участка есть несколько совпадающих аминокислот, но они расположенны в хаотичном порядке. При сортировке по группам для выделенного участка результаты получаются неинформативные (например, в одной группе может оказаться много последовательностей схожих только в нескольких аминокислотах).
Not_informative
Таблица