Практикум 12

AC: PF00240
Summary name: Ubiquitin family
Seed: 60
Full: 53635
Structures: 1954
Функции:
Белки из этого семейства содержат характерный мотив из пяти аминокислот, называемый протеасомно-взаимодействующим мотивом, который может играть биологически значимую роль в доставке белков к протеасомам и привлечении протеасом к участкам транскрипции.
Таксономия:
Большего всего белков этого семейства относятся к эукариотам и лишь малая часть к бактериям, вирусам и археям.
Таблица 1

Карта локального сходства двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой

Доменная архитектура 1: PF00240 - PF00240
Доменная архитектура 2: PF01805 - PF01805 - PF12230 - PF00240
Таблица 2

Dot Plot показывает наличие дупликации, первая диагональная линия означает сопадение первого домена доменной архитектуры 1 с последним доменом доменной архитектуры 2, а вторая линия совпадение со вторым доменом доменной архитектуры 1 соответственно. Между линиями есть небольшое расстояние, оно возникает из-за того, что домены расположены не вплотную, они разделены участком аминокислот.