Поисковый запрос: (proteome:UP000001807) AND ((ec:*) OR (protein_name:*enzyme*) OR (keyword:KW-0378) OR (keyword:KW-0560) OR (keyword:KW-0808) OR (keyword:KW-0436) OR (keyword:KW-0456) OR (keyword:KW-0413) OR (keyword:KW-1278)) выдал 283 белка, также можно использоать (proteome:UP000001807) и Group by: Enzyme Class 237 белков.
Конвейер bash: zcat UP000001807.swiss.gz | grep '^DE' | grep -o 'EC=[1-7.]\+' | cut -d= -f2 | cut -d. -f1 | sort | uniq -c | awk '{print "Класс " $2 ": " $1 " ферментов"}' Данный конвейер выдал 244 уникальных класса фермента, указанных в полях DE записей из протеома.
Конвейер bash | Выдача (ID белка) |
---|---|
zcat UP000001807.swiss.gz | awk '/^ID/ { id = $2 } (/^DE/ || /^GN/) && tolower($0) ~/outer surface protein c/ { print id; next }' | sort -u | OSPC_BORBU |
zcat UP000001807.swiss.gz | awk '/^ID/ { id = $2 } (/^DE/ || /^GN/) && tolower($0) ~ /alpha3-beta1 integrin-binding protein/ { print id; next }' | sort -u | O50983_BORBU |
zcat UP000001807.swiss.gz | awk '/^ID/ { id = $2 } (/^DE/ || /^GN/) && tolower($0) ~ /oms28/ { print id; next }' | sort -u | O50963_BORBU |
zcat UP000001807.swiss.gz | awk '/^ID/ { id = $2 } (/^DE/ || /^GN/) && tolower($0) ~ /bb_a07/ { print id; next }' | sort -u | O50901_BORBU |
zcat UP000001807.swiss.gz | awk '/^ID/ { id = $2 } (/^DE/ || /^GN/) && tolower($0) ~/lp6.6 protein/ { print id; next }' | sort -u | H7C7L8_BORBU |
zcat UP000001807.swiss.gz | awk '/^ID/ { id = $2 } (/^DE/ || /^GN/) && tolower($0) ~ /bb_a14/ { print id; next }' | sort -u | LIP14_BORBU |
zcat UP000001807.swiss.gz | awk '/^ID/ { id = $2 } (/^DE/ || /^GN/) && tolower($0) ~ /ospa/ { print id; next }' | sort -u | OSPA_BORBU |
zcat UP000001807.swiss.gz | awk '/^ID/ { id = $2 } (/^DE/ || /^GN/) && tolower($0) ~ /ospb/ { print id; next }' | sort -u | OSPB_BORBU |
zcat UP000001807.swiss.gz | awk '/^ID/ { id = $2 } (/^DE/ || /^GN/) && tolower($0) ~ /dbpb/ { print id; next }' | sort -u | DBPB_BORBU |
zcat UP000001807.swiss.gz | awk '/^ID/ { id = $2 } (/^DE/ || /^GN/) && tolower($0) ~ /dbpa/ { print id; next }' | sort -u | DBPA_BORBU |
zcat UP000001807.swiss.gz | awk '/^ID/ { id = $2 } (/^DE/ || /^GN/) && tolower($0) ~ /ankyrin/ { print id; next }' | sort -u | Y2628_BORBU, Y399_BORBU |
zcat UP000001807.swiss.gz | awk '/^ID/ { id = $2 } /^KW|^FT|^CC/ && tolower($0) ~ /virulence/ { print id; next }' | sort -u (важно, что не нужно учитывать регистр слова) | BPTA_BORBU, HRPA_BORBU, O50802_BORBU, OSPC_BORBU, PDEB_BORBU |