Практикум 2

Задание 1

C помощью инструментов пакета 3DNA были построены модели структур A-, B- и Z-формы ДНК: A-форма ДНК, B-форма ДНК, Z-форма ДНК.

Задание 2

Для анализа использовалась В-форма. Атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, выделены красным, в сторону малой — синим.

  • В сторону большой бороздки обращены атомы: C4, C5, C6, N3, N4.
  • В сторону малой бороздки обращены атомы: C1, N1, O2.
    • Рис. 1 Структура цитозина в составе фрагмента ДНК B-формы
    Табл.1 Данные о формах ДНК
    A-форма B-форма Z-форма
    Тип спирали (правая или левая) Правая Правая Левая
    Шаг спирали (Å) 28 33,8 42,8
    Число оснований на виток 11 10 12
    Ширина большой бороздки 16,8 (12C-31T) 17,8 (A30-C8) 18 (C12-C26)
    Ширина малой бороздки 8 (31T-4T)/td> 11,7 (C16-C29) 12,3 (G9-G35)
    Задание 3

    Для анализа структуры тРНК (1H3E) использовались программы find_pair и analyze: find_pair -t 1H3E_old.pdb stdout | analyze.
    В результате был получен файл 1H3E_old.out, в котором можно найти описание водородных связей, значения всех торсионных углов, ширину малой и большой бороздки.


    Координаты стеблей: (1-7 - 72-66), (10-12 - 25-23), (39-44 - 33-26), (45-47 - 47G-47E), (49-53 - 65-61)

    Неканонические пары оснований: t54-a58, P55-G18, A36-U33, A37-C32, U44-G26, G13-A22, A14-A21, G15-48C, A20B-U47H, G47A-U47B

    Дополнительные водородные связи: t54-a58, P55-G18, A36-U33, A37-C32, G13-A22, A14-A21, G15-48C, G19-C56, A20B-U47H, G47A-U47B