Практикум 3

Задание 1

Предсказание вторичной структуры 1H3E тРНК

С помощью поиска инвертированных повторов программой einverted ( outfile нашёлся только один участок инвертированного повтора, при изменении параметров результат не менялся) и алгоритма Зукера была предсказана вторичная структура тРНК.

Табл.1 Сравнение предсказаний вторичной структуры тРНК

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	1-7 - 72-66	1-7 - 82-76	1-7 - 82-76
D-стебель	10-12 - 25-23	-	10-12 - 24-26
T-стебель	49-53 - 65-61	-	59-63 - 71-75
Антикодоновый стебель	39-44 - 33-26	-	27-32 - 40-45
Общее число канонических пар нуклеотидов	24	7	24

Задание 2

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Для анализа был взят ДНК-белковый комплекс 1pp7

Скрипт-файл с определениями множеств: set1 - атомов кислорода 2'-дезоксирибозы, set2 - атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты, set3 - атомов азота в азотистых основаниях.

Скрипт-файл , вызов которого в JMol даст последовательное (с паузами!) изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.

Табл.2 Контакты разного типа в комплексе 1pp7.pdb

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	5	23	28
остатками фосфорной кислоты	9	34	43
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	2	7	9
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	2	1	3

Белок в основном взаимодействует с сахаро-фосфатным остовом молекулы, также контактирует с азотистыми основаниями в обеих бороздках (особенно в большой бороздке).

Схема ДНК-белковых контактов, полученная с помощью программы nucplot

Наибольшее число контактов с ДНК имеет Ser26. Asn81 - это важный аминокислотный остаток для распознавания последовательности ДНК, так как он имеет два контакта с азотистыми основаниями.