Поиск мотивов в последовательности FLAV_ECOLI с помощью средств PROSITE.

В базе данных PROSITE собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью паттернов и, в некоторых случаях, профилей-PSSM.

С помощью программы ScanProsite ( Scan a protein for PROSITE matches) былo найдено 13 известных мотивов в последовательности Флаводоксин 1.

Идентификатор паттерна (accession number) Идентификатор документации PROSITE и краткое описание или название паттерна в соответствии с этим документом Паттерн (регулярное выражение ) Число мотивов, обнаруженных в белке
PS00003* PDOC00003 :сайт сульфатирования тирозина.
  1. Glu or Asp within two residues of the tyrosine (typically at -1).
  2. At least three acidic residues from -5 to +5.
  3. No more than 1 basic residue and 3 hydrophobic from -5 to +5
  4. At least one Pro or Gly from -7 to -2 and from +1 to +7 or at least two or three Asp, Ser or Asn from -7 to +7.
  5. Absence of disulfide-bonded cysteine residues from -7 to +7.
  6. Absence of N-linked glycans near the tyrosine
2
PS00005* PDOC00005 : сайт фосфорилирования протеинкиназой С(protein kinase C phosphorylation site). [ST]-x-[RK] 2
PS00006* PDOC00006 : сайт фосфорилирования казеинкиназой(сasein kinase II phosphorylation site). [ST]-x(2)-[DE] 4
PS00008* PDOC00008 : сайт N-миристоилирования(N-myristoylation site). G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} 3
PS00201 PDOC00178 : Flavodoxin signature (подпись). [LIV]-[LIVFY]-[FY]-x-[ST]-x(2)-[AGC]-x-T-x(3)-A-x(2)-[LIV] 1
PS50902** PDOC50902 : похожий на флаводоксин домен (flavodoxin-like domain). Есть профиль, но нет паттерна. 1
* - часто встречающиеся в белках мотивы,
** - паттерн мотива, для которого в PROSITE есть еще и профиль.

Задача: выбрать среди найденных паттернов один длиной примерно 10-20 позиций, придумать и записать пример аминокислотной последовательности, идеально удовлетворяющей условиям данного паттерна, но не такой, как в последовательности Флаводоксина 1.
[LIV]-[LIVFY]-[FY]-x-[ST]-x(2)-[AGC]-x-T-x(3)-A-x(2)-[LIV]
LVFaTffCgTnwaAhgL