Астафьева Анастасия, 1 курс ФББ (102)
 

UniProt.


1) Таблица белка TRHBO_BACSU:
Название поля Метка поля Содержание
Код(ы) доступа ("Accession number") AC O31607
Идентификатор записи в БД ID TRHBO_BACSU Reviewed 132 AA
Название (краткое описание) белка DE RecName: Full=Group 2 truncated hemoglobin yjbI;
Short=Truncated Hb;
Short=trHbO;
AltName: Full=Hemoglobin-like protein yjbI;
AltName: Full=Truncated BHb
Дата создания документа DT 13-SEP-2005, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot
Дата последнего исправления аннотации DT 08-FEB-2011, entry version 65
Число публикаций, использованных при создании документа RN 3
Журнал и год самой поздней публикации RL J. Biol. Chem. 280:9192-9202(2005).
Ключевые слова KW 3D-структура, Клеточная мембрана; Полная последовательность; Гем; Гидроксилирование;
Что содержит поле комментариев? СС ФУНКЦИЯ: Гемоглобин-подобный белок, который обладает низкой пероксидазной активностью. Из-за высокого сродства белка к кислороду можно исключить возможность того, что он участвует в кислородном транспорте.
КОФАКТОР: связывает 1 гем на субъединицу.
СУБЪЕДИНИЦА: мономер
СХОДСТВА: Относится к группе усеченных гемоглобинов, II подгруппе.
Идентификаторы записей PDB DR 1UX8




2) Вопрос: Номера и типы остатков, взаимодействующих с геномом.
Ответ: Три остатка типа "heme" - номер 45, 48 и 63.



3) Находим в базах SwissProt и TrEMBL белки, похожие на мой:
Запрос Число записей в SwissProt Число записей в TrEMBL
hemoglobin 1229 2731
truncated hemoglobin 17 41
Group 2 truncated 4 2



4) Сравнительная таблица моего белка и белка P0A595:

Название поля Метка поля SRFAC_BACSU SRFAB_BACSU
Первый код доступа AC O31607
P0A595
Идентификатор записи в БД ID TRHBO_BACSU Reviewed; 132 AA
 TRHBO_MYCTU Reviewed; 128 AA
Название (краткое описание) белка DE RecName: Full=Group 2 truncated hemoglobin yjbI;
Short=Truncated Hb;
Short=trHbO;
AltName: Full=Hemoglobin-like protein yjbI;
AltName: Full=Truncated BHb

 RecName: Full=Group 2 truncated hemoglobin glbO;
AltName: Full=Hemoglobin-like protein HbO;
AltName: Full=Truncated hemoglobin;
Short=trHbO;
Дата создания документа DT 13-SEP-2005, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot
 15-MAR-2005, integrated into UniProtKB/Swiss-Prot
Дата последнего исправления аннотации DT 08-FEB-2011, entry version 65
 08-FEB-2011, entry version 50
Название организма OS Bacillus subtilis
 Mycobacterium tuberculosis
Классификация организма (список таксонов) OC Bacteria; Firmicutes; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus.
 Bacteria; Actinobacteria; Actinobacteridae; Actinomycetales; Corynebacterineae; Mycobacteriaceae; Mycobacterium; Mycobacterium tuberculosis complex.
Длина последовательности FT 132
 128
Молекулярная масса белка SQ 15116 MW 14950 MW
Число публикаций, использованных при создании документа RN 3
 4
Журнал и год самой поздней публикации RL J. Biol. Chem. 280:9192-9202(2005)
 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 100:5766-5771(2003).
Описание вторичной структуры FT HELIX 8 11
HELIX 13 30
TURN 32 34
HELIX 35 37
HELIX 43 56
HELIX 62 67
HELIX 72 76
HELIX 83 100
HELIX 105 121


 HELIX 5 8
TURN 9 11
HELIX 12 28
HELIX 30 35
HELIX 42 55
HELIX 61 66
HELIX 71 75
HELIX 82 97
TURN 101 103
HELIX 106 122
Ключевые слова KW 3D-структура; Полная последовательность; Гем, железо; Металл-обязательный характер; транспорт. 3D-структура, Клеточная мембрана; Полная последовательность; Гем; Гидроксилирование; Железо, Мембрана, Метал-обязательный, Кислородный транспорт, транспорт.
Темы, освещённые в комментариях CC ФУНКЦИЯ: Гемоглобин-подобный белок, который обладает низкой пероксидазной активностью. Из-за высокого сродства белка к кислороду можно исключить возможность того, что он участвует в кислородном транспорте.
КОФАКТОР: связывает 1 гем на субъединицу.
СУБЪЕДИНИЦА: мономер
СХОДСТВА: Относится к группе усеченных гемоглобинов, II подгруппе.

 ФУНКЦИЯ:Представленный в E.coli и M.smegmatis, HBO увеличивает поглощение кислорода. Мембранные везикулы E.coli содержащие HBO проявляют примерно в два раза большую дыхательную активность, чем мембраны без HBO.Видимо, HBO взаимодействует с терминальной оксидазой. Поэтому, HBO могли бы участвовать в процессе переноса электрона или кислорода, представляя функции, связанные с упрощениюем переноса кислорода во время аэробного метаболизма M.tuberculosis.

КОФАКТОР: Связывает одну группу гема на субъединицу.
СУБЪЕДИНИЦА: Homododecamer
ВНУТРИКЛЕТОЧНАЯ ЛОКАЛИЗАЦИЯ: Клеточная мембрана; периферические белки мембраны (вероятные).
PTM: содержит "L-DOPA" (3',4'-dihydroxyphenylalanine).- 3',4'-дигидроксифенилаланин
СХОДСТВА: Относится к группе усеченных гемоглобинов, II подгруппе.
ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ О ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ: Последовательность = AAK46846.1; Тип ошибочного инициирования; Примечание = трансляция N-конца сокращена;
Особенности последовательности FT METAL 76 76 Iron (heme proximal ligand).
BINDING 45 45 Heme.
BINDING 48 48 Heme.
BINDING 63 63 Heme.
METAL 75 75 Iron (heme proximal ligand).
MOD_RES 36 36 3',4'-dihydroxyphenylalanine.
CROSSLNK 23 36 Isodityrosine (Tyr-Tyr).
Идентификаторы записей PDB DR 1UX8
 1NGK; 2QRW;