Внутренности белков и макромолекулярных комплексов (2NN6)

Ссылка на скрипт 1
Ссылка на скрипт 2
Ссылка на скрипт 3
1. Белок 2NN6 представляет собой человеческую РНК экзосому, относящуюся к классу гидролаз/трансфераз. В белке "2NN6" 117 гидрофобных участков (сам белок - 16858 а.о.). Крупнейшими являются 1(1185) - 7,03% от всего белка, 8(760) - 4,51%, 55(668) - 3.96%, 3(554) - 3,29%. Остальные гидрофобные ядра имеют значително меньше (67<=) аминокислотных остатков.

2. Тирозин из гидрофобного участка не покрывается полностью. Один из его участков остается открытым.
Расстояние между ковалентно не связанными атомами в гидрофобном участке равна 0.72А (~0.7). Это меньше диаметра кислорода, а значит вода не может проникнуть.

3. Между ДНК и окружающим ее белком возможны разные типы связей. Ионнные связи образуются за счет взаимодействия положительно заряженных аминокислот и отрицательно заряженных остатков фосфорной кислоты в сахаро-фосфатном остове цепи ДНК. Гидрофобные взаимодействия возникают между неполярными атомами сахаро-фосфатного остова и гидрофобными аминокислотами. Водородные связи возможны, но в рассмотренном примере (5INL) не встречаются.
Комплексы ДНК-белок встречаются довольно часто. Например, при упаковке ДНК используются нуклеосомные белки для создания особой структуры - нуклеосомы. Репликация также не может осуществляться без участия белков - различные полимеразы, хеликазы и т.д. Кинетохоры на хромосомах, к которым крепятся волокна веретена деления во время деления клетки, важнейшую роль при сегрегации хромосом для последующего разделения родительской клетки на две дочерние.