A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1


В задании 1 требовалось построить модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA. Ссылки: A-форма , B-форма , Z-форма .

Задание 2


В задании требовалось рассмотреть азотистое основание (в моем случае - цитозин) и определить, какие атомы основания явно обращены в сторону большой бороздки, а какие - в сторону малой. Ниже представлен выбранный мною цитозин.

Рис.1. Расположение цитозина




В сторону большой бороздки обращены атомы: C4, C5, C6, N4. В сторону малой бороздки обращены атомы C2, N3, O2.

Рис.2. Структура цитозина




Сравнение основных спиральных параметров разных форм ДНК.

A-форма B-форма *Z-форма
Тип спирали (правая или левая) правая правая левая
Шаг спирали (A) 28,03 33,75 43,50
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 16,97
([DC]8:A.P #146 - [DC]20:B.P #392) 		17,21
([DG]5:A.P #83 - [DG]17:B.P #329) 		8,68
([DG]9:A.P #165 - [DG]21:B.P #411)
Ширина малой бороздки 7,98
([DT]15:B.P #290 - [DC]4:A.P #64) 		11,69
([DC]8:A.P #146 - [DG]21:B.P #411) 		18,3
([DC]16:B.P #310 - [DC]6:A.P #105)

Задание 3


Средние значения торсионных углов тРНК "1F7U" представлены в таблице 1. Номер самого "деформированного" нуклеотида: 23.

Табл.1. Средние значения торсионных углов ДНК "1tro"

Торсионный угол A С G U
alpha -61,14 -63,05 -13,96 -65,40
beta -34,66 -3,93 66,90 36,66
gamma 51,82 52,08 54,59 48,64
delta 82,64 82,18 81,04 82,34
epsilon -151,18 -153,10 -149,78 -151,10
zeta -71,54 -73,10 -71,31 -73,14
chi -159,78 -162,14 -169,15 -156,54


Средние значения торсионных углов тРНК "1f7u" представлены в таблице 2. Номер самого "деформированного" нуклеотида: 23G, 2 цепь (степень деформированности 626.7). По торсионным углам тРНК ближе к А-форме ДНК.

Табл.2. Средние значения торсионных углов тРНК "1f7u"

Торсионный угол Значение
alpha -43,8
beta 39,2
gamma 51,5
delta 89,7
epsilon -145,0
zeta -71,0
chi -150,2


Номера нуклеотидов, образующих стебли(stems) во вторичной структуре заданной тРНК:

1. Акцепторный стебель: 901-907 : 972-966;

2. Т-стебель: 949-953 : 965-961;

3. D-стебель: 939-944 : 931-926;

4. Антикодоновый стебель: 910-913 : 925-922.

Рис.3. Строение тРНК

Неканонические пары оснований в структуре тРНК: 901:972; 905:968; 955:917; 943:927; 944:926; 913:922.(верхняя таблица ниже)

Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру: 954:958; 955:917; 914:908; 915:948; 918:956.(нижняя таблица ниже) 

   
      Strand I                    Strand II          Helix

   1   (0.044) ....>B:.901_:[PSU]P-**--A[..A]:.972_:B<.... (0.003)     |
   5   (0.002) ....>B:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:B<.... (0.007)     |
  13   (0.003) ....>B:.954_:[5MU]t-**--a[1MA]:.958_:B<.... (0.005)     |
  14   (0.044) ....>B:.955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917_:B<.... (0.006)     x
  19   (0.003) ....>B:.943_:[..A]A-**--P[PSU]:.927_:B<.... (0.045)     |
  20   (0.004) ....>B:.944_:[..A]A-**--g[M2G]:.926_:B<.... (0.005)     |
  24   (0.005) ....>B:.913_:[..C]C-**--C[..C]:.922_:B<.... (0.002)     |
  25   (0.009) ....>B:.914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_:B<.... (0.004)     |
  26   (0.012) ....>B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B<.... (0.004)     x
  Note: This structure contains 9[8] non-Watson-Crick base-pairs.


            Strand I                    Strand II          Helix
                                        	
  13   (0.003) ....>B:.954_:[5MU]t-**--a[1MA]:.958_:B<.... (0.005)     |
  14   (0.044) ....>B:.955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917_:B<.... (0.006)     x
  25   (0.009) ....>B:.914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_:B<.... (0.004)     |
  26   (0.012) ....>B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B<.... (0.004)     x
  27   (0.015) ....>B:.918_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B<.... (0.001)     +

© Cherkashina Anastasia 2017