BLAST

Ссылка на нуклеотидную последовательность :
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/GU672524.1?report=fasta&from=13

Определен до вида.

Polycirrus medusa - это полихета семейства Terebellidae. Тело червя состоит из головы, цилиндрического, сегментированного тела и хвостовой части.
Polycirrus medusa был впервые с научной точки зрения описан Грубе в 1850 году.

Выбрана была самая первая находка (blastn) c идентичностью 99% (Max score 1168, Total score 1168, Query cover 98%, E-value 0.0).
Следующие 7 находок обладали различной степенью идентичности (от 82% до 99%), но принадлежали к этому же роду.
Первые 2 находки имели 99% идентичность и принадлежали одному виду Polycirrus medusa.
Третья была с неопределенным видовым названием с идентичностью в 92%. Последующие находки относились к разным видам рода Polycirrus.

Название последовательности: Polycirrus medusa voucher BIOUG:WS0178 cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene, partial cds; mitochondrial.
Последовательность гена субъединицы I цитохромоксидазы (COI) мтДНК полихеты Polycirrus medusa.
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Ссылка на нуклеотидную последовательность
http://kodomo.fbb.msu.ru/~nastya_lacewing/term3/41.fasta

Область поиска (банк, таксономия), порог E, другие - если не по умолчанию
Банк: Nucleotide Collection; Таксономия: Terebellidae (ID:32261); Порог Е: 0.001

megablast: длина слова - 28

megablast: число находок - 9

Рис.2. Blast1

Рис.2. Blast1

Рис.2. Blast1

Рис.2. Blast1

Рис.2. Blast1

Рис.2. Blast1

Рис.2. Blast1

Специфические находки от discontiguous megablas
EU835671.1; KP254027.1; JX966313.1

Объяснение результатов
Так как в megablast мы задаем слово, которое длиннее чем в других алгоритмах, то поиск осуществляется более точно, следовательно, находок меньше. А два других алгоритма находят последовательности, которые сильнее отличаются от исходной, таким образом, находок у них больше.

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

3-е задание в гугл-форме.
Ссылки на вывод blast при поиске гомологов:

cisy.fasta

------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Для 4-го задания был использован скэффолд 51, ген - компонент Е1 оксоглутарат дегидрогеназы.

Рис.3. Blast3

© Cherkashina Anastasia 2017