EMBOSS

Задание 1. Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл.

Файлы на вход: 71.fasta 72.fasta 73.txt
Команда: seqret @73.txt 7a.fasta -auto
Файл на выходе: 7a.fasta

Задание 2. Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы.

Файл на вход: 75.fasta
Команда: seqretsplit 75.fasta -auto
Файлы на выходе: alv20907.1.fasta alx07041.1.fasta bac69532.1.fasta

Задание 3. Из файла с хромосомой в формате .gb вырезать три кодирующих последовательности по указанным координатам "от", "до", "ориентация" и сохранить в одном fasta файле.

Файлы на вход: ch.gb 7seq.txt
Команда: seqret @7seq.txt 7out.fasta
Файл на выходе: 7out.fasta

Задание 4. Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta файле.

Файлы на вход: 7_4(a).fasta
Команда: transeq 7_4(a).fasta 7_4(b).fasta -table 0 -auto
Файл на выходе: 7_4(b).fasta

Задание 5. Транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках.

Файлы на вход: 7_5(a).fasta
Команда: transeq 7_5(a).fasta 7_5(b).fasta -frame 6
Файл на выходе: 7_5(b).fasta

Задание 6. (featcopy) Перевести аннотации особенностей в записи формата .gb в табличный формат .gff.

Файлы на вход: 78.gb
Команда: featcopy gb::78.gb gff::79.gff -auto
Файл на выходе: 79.gff

Задание 7. Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности.

Файлы на вход: 76.fasta
Команда: shuffle -o out.fasta 76.fasta
Файл на выходе: out.fasta

Задание 8. Найдите частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях.

Файлы на вход: 7_8(a).fasta
Команда: cusp 7_8(a).fasta codons.txt
Файл на выходе: codons.txt

Задание 9. Создайте три случайных нуклеотидных последовательностей длины сто.

Файлы на вход: (нет)
Команда: makenucseq -amount 3 -length 100 100random.fasta -auto
Файл на выходе: 100random.fasta

Задание 10. Перевести выравнивание из fasta формата в формат .msf

Файлы на вход: a7.fasta
Команда: seqret a7.fasta -outseq msf::a72.msf
Файл на выходе: a72.msf

Задание 11. Файл с ридами sra_data.fastq в формате fastq перевести в формат fasta.

Файлы на вход: sra_data.fastq
Команда: seqret sra_data.fastq fasta::sra_data.fasta
Файл на выходе: sra_data.fasta

Задание 12. Переведите символы конца строки в формат unix

Файлы на вход: 7_12(a).fasta
Команда: noreturn 7_12(a).fasta 7_12(b).fasta
Файл на выходе: 7_12(b).fasta

© Cherkashina Anastasia 2017