Анализ крупных перестроек геномов

Задание 1. Выбор 3 геномов бактерий или архей одного вида.

Выбранные геномы бактерий:
1. Bacillus velezensis strain L-1 (CP023859.1)
2. Bacillus velezensis strain SB1216 (CP015417.1)
3. Bacillus velezensis strain SRCM100072 (CP021888.1)

Задание 2. Вычисление сходства на гомологичных участках геномов и покрытия геномов гомологичными участками.

Идентичность:
CP023859.1 и CP015417.1: 99%
CP023859.1 и CP021888.1: 99%
CP015417.1 и CP021888.1: 99%
Покрытие:
CP023859.1 и CP015417.1: 92%
CP023859.1 и CP021888.1: 91%
CP015417.1 и CP021888.1: 95%

Задание 3. Исследование крупных перестроек.

Карты локального сходства:
Все изображения демонстрируют транслокации и мелкие делеции, дубликации.

Рис.1. CP023859.1 и CP015417.1

Крупная траслокация на расстоянии 0.5-1.2М. Вставки на расстоянии 1.8М и 3.05М (для штамма SB1216). Также стоит отметить наличие интересных дубликаций, которые присутствуют во всех выравниваниях. Причем происходило 3 дубликации каждого такого участка.

Рис.2. CP023859.1 и CP021888.1

Крупная траслокация на расстоянии 0.5-1.0М. Делеция на расстоянии 2.2М, вставка на расстоянии 2.8М и 3.05М (для штамма SRCM100072). Дубликации.

Рис.3. CP015417.1 и CP021888.1

Небольшая траслокация на расстоянии 3.65-3.8М. Делеция на расстоянии 1.0М. Вставка на расстоянии 1.55М (для штамма SRCM100072). Дубликации.