Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Отобранные бактерии

Название	Мнемоника
Bradyrhizobium diazoefficiens	BRADU
Rhizobium etli	RHIEC
Burkholderia cenocepacia	BURCA
Neisseria meningitidis	NEIMA
Enterobacter sp. 638	ENT38
Salmonella typhimurium	SALTY
Yersinia pseudotuberculosis	YERPS
Vibrio fischeri	VIBFM

Скобочная формула дерева

(((((SALTY,ENT38),YERPS),VIBFM),(BURCA,NEIMA)),(BRADU,RHIEC));

Изображение дерева

Ветви дерева

Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:
☆ {SALTY, ENT38} против {YERPS, VIBFM, BURCA, NEIMA, BRADU, RHIEC}
☆ {SALTY, ENT38,YERPS} против {VIBFM, BURCA, NEIMA, BRADU, RHIEC}
☆ {SALTY, ENT38, YERPS, VIBFM} против {BURCA, NEIMA, BRADU, RHIEC}
☆ {SALTY, ENT38, YERPS, VIBFM, BURCA, NEIMA} против {BRADU, RHIEC}
☆ {BURCA, NEIMA} против {SALTY, ENT38, YERPS, VIBFM, BRADU, RHIEC}

Реконструкция филогении.

Изображение дерева, построенное на основании данных NCBI

Дерево NCBI

Нетривиальные ветви:

☆ {SALTY, ENT38, YERPS, VIBFM, BURCA, NEIMA} против {BRADU, RHIEC} (выделяется Alphaproteobacteria)
☆ {SALTY, ENT38, YERPS, VIBFM,BRADU, RHIEC} против {BURCA, NEIMA} (выделяется Betaproteobacteria)
☆ {SALTY, ENT38} против {YERPS, VIBFM, BURCA, NEIMA, BRADU, RHIEC} (выделяется Enterobacteriaceae)
☆ {SALTY, ENT38, YERPS} против {VIBFM, BURCA, NEIMA, BRADU, RHIEC} (выделяется Enterobacterales)
☆ {SALTY, ENT38, YERPS, VIBFM} против {BURCA, NEIMA, BRADU, RHIEC} (выделяется Gammaproteobacteria)