Практикум 3. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги.

Отобранные бактерии

Название	Мнемоника
Bradyrhizobium diazoefficiens	BRADU
Rhizobium etli	RHIEC
Burkholderia cenocepacia	BURCA
Neisseria meningitidis	NEIMA
Enterobacter sp. 638	ENT38
Salmonella typhimurium	SALTY
Yersinia pseudotuberculosis	YERPS
Vibrio fischeri	VIBFM

Изображение дерева

Дерево было посторено методом наибольшего правдоподобия в программе MEGA. Гомологи белка CLPX_ECOLI были подобранны при помощи программы blast. Всего нашлось 23 гомолога. Далее они были выровнены через muscle программой JalView.
Два гомологичных белка будем называть ортологами, если они: а) из разных организмов; б) разделение их общего предка на линии, ведущие к ним, произошло в результате видообразования. Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами.

Примеры ортологов:

☆ CLPX YERPS и CLPX SALTY
☆ RUVB BRADU и RUVD NEIMA
☆ HSLU VIBFM и HSLU YERPS

Примеры паралогов:

☆ CLPX YERPS и HSLU YERPS
☆ Q8KKT3 RHIEC и CLPX RHIEC
☆ FTSH SALTY и YIFB SALTY