Практикум 5. Работа с MEME

Исследуемая бактерия:

Shigella flexneri

Шигелла Флкснера

Шигелла Флекснера (лат. Shigella flexneri, распространенное сокращение Sh. flexneri) — вид бактерий, возбудителей дизентерии.

Классификация шигелл

Шигеллы Флекснера — один из четырех видов рода шигеллы (Shigella), который входит в семейство энтеробактерии (лат. Enterobacteriaceae), порядок энтеробактерии (лат. Enterobacteriales), класс гамма-протеобактерии (лат. gamma proteobacteria), тип протеобактерии (лат. Proteobacteria), царство бактерии. Считается, что виды шигелл совпадают с соответствующими серогруппами. В виде шигеллы Флекснера выделено 6 серотипов. Все виды шигелл (а это, кроме шигелл Флекснера, также шигеллы Бойда, шигеллы дизентерии и шигеллы Зонне) являются возбудителями дизентерии.

Общая информация

Шигеллы Флекснера — грамотрицательные, факультативные анаэробы. Также, как и другие шигеллы, неподвижны и имеют размер 2–3 на 0,5–0,7 мкм и образуют споры и капсулы. Шигеллы Флекснера — средний по устойчивости к воздействию внешних факторов вид шигелл. Они мгновенно гибнут при кипячении, при нагреве до 60 °С погибают через 10-20 минут. Могут длительно сохраняться в молоке и молочные продукты, фруктах и овощах, некоторое время выживают в почве, в выгребных ямах и загрязненных открытых водоемах.

Шигелла Флекснера и дизентерия

Шигеллы Флекснера являются наиболее часто выявляемым возбудителем бактериальных дизентерий в развивающихся странах (до 60 % случаев среди всех шигеллезов). Дизентерии, вызванные шигеллами Флекснера, обычно поддаются лечению антибиотиками, хотя некоторые штаммы Sh. flexneri приобрели резистентность ко многим современным антибиотикам.

Список белков и генов

Полное название организма - Shigella flexneri serotype 5b (strain 8401) Cписок, озаглавленный "Popular organisms" содержит 2 пункта: SHIFL (11) - Shigella flexneri Shigella flexneri 301 (serotype 2a) SHIF8 (8) - Shigella flexneri serotype 5b (strain 8401)

☆
☆
☆

Название белка	Названия генов	Расположение генов
Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase	purT SF1859	1894754 .. 1895932
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase	guaB SF2554	2622057 .. 2623523
Adenylosuccinate synthetase	purA SF4332	4509505 .. 4510803
Bifunctional protein FolD	folD SF0460	475387 .. 476253
Amidophosphoribosyltransferase	purF SF2388	2436833 .. 2438350
GMP synthase [glutamine-hydrolyzing]	guaA SF2553	2620411 .. 2621988
Bifunctional purine biosynthesis protein PurH	purH SF4078	4224904 .. 4226493
Formyltetrahydrofolate deformylase	PurU SF1232	1282822 .. 1283664

Ссылка на fasta-файл с вырезанными Upstream-регионами:dz5_upstream.fasta

Поиск мотивов

Команда: ememe -nmotifs 3 dz5_upstream.fasta -revcomp meme
☆ 1 мотив

☆ 2 мотив

☆ 3 мотив

meme.html