Программа BLAST

1.Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка в разных банках

Лучшая находка, как и ожидалось, совпала с заданным для поиска белком. Поэтому будем рассматривать поисковую выдачу сервиса, начиная со второй находки.

Искомая информация	Поиск по Swiss-Prot	Поиск по PDB	Поиск по nr
1. Лучшая находка
Accession	A7Z7A9.1	3PQC_A	YP_004878299.1
E-value	2e-134	2e-41	6e-140
Вес (в битах)/td>	381	141	399
Процент идентичности	94%	40%	99%
2. Число хороших кандидатов в гомологи (E-value < 1e-10)	11	11	57
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний	93	34	94
Accession	A9KHA0.1	3GEH_A	YP_004325616.1
E-value	1e-60	0.72	1e-93
Вес (в битах)	194	30.4	281
Процент идентичности	51%	24%	70%
Процент сходства	89%	63%	94%
Длина выравнивания	174	123	183
Координаты выравнивания	В запросе: 19 - 193. В находке: 19 - 193.	В запросе: 26 - 149. В находке: 227 - 345.	В запросе: 6 - 189. В находке: 8 - 191.
Число гэпов	0	11	0

Мне удалось найти исходный белок в Swiss-Prot и "nr", а его структуру в PDB.

Так как nr включает все белковые последовательности, то число явных гомологов при использовании nr больше, чем при поиске в других базах данных (Swiss-Prot, PDB).

Всего нахдок в Swiss-Prot - 1605 (E-value самой последней находки - 10.0), PDB - 68 (E-value самой последней находки 9.6), nr - 10950 (E-value самой последней находки 10.0).

Заданный по умолчанию предельный размер выдачи - 100, следовательно, в PDB число находок лимитирвано значением E-value, а в nr и Swiss-Prot заданным по умолчанию предельным размером выдачи (т.к. если выбрать, например, размер выдачи - 20000, то число находок равно 10950 в nr, а в Swiss-Prot - 1605).

2.Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам

Задача — для изучаемого белка 'B. subtilis' найти лучшего гомолога в организмах таксона, филогенетически как можно более далекого.
Я решила поискать в другом царстве (т.е. Eukaryota).
И это оказался белок, взятый из Arabidopsis thaliana (Резуховидка Таля, справа Вы можете увидеть этот милый цветок:))

Искомая информация	Значение
Номер находки в списке описаний	1
Accession	O81004.2
E-value	1e-36
Вес (в битах)	126
Процент идентичности	38%
Процент сходства	93%
Длина выравнивания	300
Координаты выравнивания	В запросе: 2 - 184 В находке: 99 - 286
Число гэпов	5

3.Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями

Для сравнения используем выравнивание BLASTp последовательностей моего белка и белка, полученого при выполнении предыдущего задания.

Функция веса, использованная при построении:
матрица весов замен - BLOSUM62;
штраф за создание гэпа - 11;
штаф за удлинение гэпа - 1.

Программа needle пакета EMBOSS (полное оптимальное выравнивание):

Полученный файл можно увидеть тут.

Программа water пакета EMBOSS (оптимальноe частичноe выравниваниe):

Полученный файл можно увидеть тут.

Признак сравнения	BLASTp	needle (оптимальное полное)	water (оптимальное локальное)
Вес	316	313	318
Процент идентичности	38%	24%	37.8%
Процент сходства	93%	36.7%	56.4%
Число гэпов	5	105	5
Длина выравнивания	300	300	188
Координаты выравнивания	В запросе: 2 - 184. В находке: 99 - 286.	В запросе: 0 - 195. В находке: 1 - 300.	В запросе: 2 - 184. В находке: 99 - 286.

Вес оптимального частичного выравнивния немного больше,чем оптимального полного.
Выравнивания почти полностью отличаются друг от друга.