Эволюционные домены

1.Опиcание доменной архитектуры белка engb_bacsu в соответствии с банком Pfam

Доменная структура белка engb_bacsu по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка ENGB_BACSU	Клан
1.	P38424	ENGB	50S рибсома-связка GTPase* (50S ribosome-binding GTPase*). Семейство доменов названо по названию рибосомы, которая вступает в взаимодействие** с GTPase* белками.	25–143	Клан P-loop_NTPase (CL0023), содержит 193 семейства, у 13 неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF)

*GTPases (в единственном числе GTPase) - большая семья гидролаз, ферментов, которые могут связывать и гидролизировать гуанин-рибозид трифосфат (guanosine triphosphate (GTP)). GTP связывают и гидролизуют участок, находящийся в очень высокой степени консервативности "G домен", что характено для всех GTPases.
Больше информации по данному вопросу можно узнать тут.

**Полная длина белка GTPase* для абсолютной активности нуждается во взаимодействии белока с 50S ribosome и связывает, и аденин, и гуанин нуклеотиды с привилегированными нуклеотидами гуанина.

2.Данные о домене моего белка


Домен входит в 150 архитектур;
Последовательность известна для 30819 белков, содержащих домен;
Пространственная структура PDB определена для 15 разных белков, содержащих домен (Всего: 30 структур).
Само выравнивание можно увидеть тут.


3.Выбор доменной архитектуры, в которой присутствует два или более разных домена


Данный мне белок включает единственный домен, поэтому проверим, в какие доменные архитектуры он (домен) входит (всего таких архитектур 150). Затем выберем для изучения одну из них, например, MMR_HSR1, YchF-GTPase_C:

Представленность доменов PF06071 и PF01926 в организмах разных таксонов

Таксон		Количество белков с доменом PF06071.	Количество белков с доменом PF01926.
Эукариоты	Зеленые растения	59	*
	Грибы	134	*
	Животные	184	*
	Остальные эукариоты	90	*
Археи		-	*
Бактерии		2893	*
Вирусы		-	*

*Для белка с АС PF01926 по каким-то причинам невозможно просмотреть дерево, следовательно результаты нам неизвестны.

4.Сравнение описания мотивов в разных банках семейств по данным InterPro.



Самый короткий мотив - MMR_HSR1, он описан в банках Pfam и PRINTS.
Самый длинный мотив - SSF52540, он описан в Pfam.

Представлены следующие структурные подписи:
1sviA PDB Chain
3.40.50.300 1sviA00 CATH Domain
c.37.1.8 d1svia_ SCOP Domain

Границы домена PF01926 не изменились по сравнению с Pfam, все так же 25 - 143.