Мотивы. МЕМЕ и MAST

1.Поиск мотивов программой MEME

Лист-файл с невыравненными последовательностями белком мы уже делали в одном из предыдущих практикумов, также как и файл с последовательностями.
Запустим программу ememetext: ememetext @myproteins.list memeout.txt temp.fasta -nmotifs 3 (здесь с помощью аргумента -nmotifs мы задали число различных мотивов для поиска равным 3).
Получили файл в формате txt.

Номер мотива	Последовательности, в которых найден мотив	Координаты в последовательности CDD_BACSU	P-value в последовательности CDD_BACSU	Длина	E-value
1	Мотив найден во всех последовательностях	16 - 65	6.85e-57	50	3.3e-190
2	Мотив найден во всех последовательностях	77 - 126	1.67e-56	50	7.0e-176
3	Мотив найден во всех последовательностях	127 - 166	2.68e-41	40	3.2e-106

2.Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle

Открыла в JalView выравнивание последовательностей, полученное программой muscle.
Проект JalView с расширением jar

Moтивы, найденные MEME послностью выровнены программой muscle.

3.Поиск найденных мотивов в других последовательностях (MAST)

Файл с последовательностями из предыдущего практикума - seed.msf.

Bзвлекла последовательности из выравнивания программой degapseq: degapseq seed.msf seed.fasta
файл seed.fasta

Запустила программу emast: emast -dfile seed.fasta memeout.txt mastout.html

Открыла полученный файл (mastout.html) браузером.

Дополнительная информация:
1)В скольких последовательностях (из стольких-то, имевшихся в seed.fasta) нашёлся каждый из мотивов?

Первый мотив не нашелся нигде (что довольно странно);
Второй мотив - в 84 из 114;
Третий мотив - в 9 из 114.
Также имеются последовательности, в которых нет мотивов - 16 штук (что также довольно странно).

2)В скольких нашлись все мотивы?
Ни в одной последоательности не нашлись все мотивы.

3)Соответствует ли выравнивание, взятое из Pfam, мотивам?
Соответствует