Запустила BLAST по Swiss-Prot, ограничив выдачу таксоном Bacteria и E-value меньше 0.001.
Результатов получилось очень много, поэтому, в соответствии с заданием выбрала из нее белки с разным процентом идентичности, не превышающим 90 и не ниже 40%.
1) AC: Q65GJ7.1 процент идентичности: 89%
2) AC: A9VIU3.1 процент идентичности: 73%
3) AC: C1CFF1.1 процент идентичности: 68%
4) AC: A8AXB8.1 процент идентичности: 66%
5) AC: Q8DZ11.1 процент идентичности: 63%
6) AC: A5N2K5.1 процент идентичности: 49%
7) AC: Q67SJ6.1 процент идентичности: 43%
Файл myproteins.list — это так называемый "лист-файл", то есть файл со списком "адресов" последовательностей.
Выполнила (в своей рабочей директории на kodomo-count) команду: seqret @myproteins.list myproteins.fasta
Чтобы получить в файле myproteins.fasta последовательности в fasta-формате.
Знак "@" указывает программе seqret, что входной файл надо рассматривать как лист-файл, а не как файл с последовательностями.
Само выравнивание после покраски по идентичности в соответствии с матрицей BLOSUM62 можно увидеть тут.
Рассмотрим очень консервативные участки: 15 - 17, 30 - 46, 111 - 124, 151 - 155, 160 - 161, 179 - 188, 213 - 215.
Участки, по-моему мнению, не являющиеся консервативными: 3 - 8, 74 - 106, 234 - 237 (т.е. особого биологического смысле не несут). Kакие группы сходных аминокислот образуют в моем выравнивании функционально консервативные позиции:
Чаще всего встретились G, S, D.
Файл с выравниванием.
2.Программа Muscle
Задача – получить выравнивание вирусных белков, называемых "малыми дельта-антигенами", посредством программы muscle и посмотреть на него в JalView.
1. Используя SRS, получите файл с последовательностями малых дельта-антигенов в формате fasta.
2. Выровнять последовательности можно программой muscle. Для этого выполним следующую команду: muscle -in delta.fasta -out delta_aligned.fasta
3. Окраску выбрала по аминокислотным остаткам (Clustalx).
4. Файл delta.msf.
