Главная Семестры Проекты Обо мне

Паттерны и банк Prosite

1.Таблица c pезультатaми поиска по паттернам в банке данных Swiss-Prot.
Характеристика паттерна Паттерн Число последовательностей банка Swiss-Prot, в которых найден мотив, удовлетворяющий паттерну Количество найденных последовательностей из выравнивания
Фрагмент последовательности EGGLPEIALA 2 2
Сильный [EQDK]-[GDS]-[GDEK]-[LIR]-[PI]-E-[IV]-A-[LF]-[AV] 58 3
Слабый [EQDKR]-[GDNS]-[GDEKR]-[LIKRV]-[PI]-E-[ILV]-[AE]-[LF]-[AV] 61 2


По результатам первого поиска получаем:
sp|Q65GJ7|ENGB_BACLD 20 29 USERPAT1 . . . EGGLPEIALA
sp|P38424|ENGB_BACSU 20 29 USERPAT1 . . . EGGLPEIALA


После второго поиска получаем 58 результатов. Полагаю, их много потому, что на выбранном участке консервативность слишком мала. Вариантов получше не нашлось. Все белки из выравнивания нашлись.
По результатам третего поиска, получаем 61 последовательностей. Паттерн можно было не ослаблять слишком сильно.
©Melnichuk Anastasia