PSI-BLAST

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
ID белка	AC белка	Число итераций	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	> 5 (результаты для 5)	165	0.004	0.005	995	7e-04	0.023
SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	3e-12	4.9	514	3e-38	0.42
Y380_RHIME	P17265	4	15	7e-04	0.027	25	3e-18	0.024
ENGB_BACSU	P38424	5	833	0.005	0.005	833	0.005	0.005

1) Для первой последовательности (P18196) было проведено 5 итераций, по результатам которых можно сказать, что результаты расходятся. При каждой итерации появляются новые найденные последовательности, разрыв в E-value увеличился (0.001 --> 0.0223). Если проанализировать E-value собственно данной последовательности, то он постоянно рос (8e-171, 1e-117, 1e-100, 6e-97, 7e-83), и в 5й итерации она даже стоит не на первом месте в результатах поиска. Все это свидетельствует о расходимости результатов. Стоит заметить, что уже 6 итерация не добавляет результатов в поиск (все так же 995).

2) В случае со второй последовательностю, результаты явно сходятся. Их количество не меняется, начиная сразу со второй итерации, разрыв между худшими результатами до порога и лучшими после заметно уменьшился (см. таблицу). E-value данного белка, логично, повысился (3e-116 --> 1e-94).

3) Результаты поиска по третьей последовательности также сходятся. Всего было проведено 4 итерации до того, как количество результатов перестало изменяться. Разрыв между худшым результатом до порога и лучшим после него снизился, как и в случае с предыдущей последовательностью. Мы видим такую же тенденцию, как и в прошлый раз, и с изменениями e-value начального белка (7e-141, 1e-77, 2e-75, 1e-71) и "средней" последовательности Q5XAQ7 (2e-07, 1e-49, 1e-57, 8e-58).

4) При 2й итерации поиск увеличился более чем до 5000 последовательностей, пришлось увеличивать параметр "Max target sequences" до 10000 последовательностей. При 3й интерации количество находок резко уменьшилось до 63 - ниже порога E-value и до 190 - выше порога. И наконец, при 5й итерации результаты идеально сошлись.

№ итерации	Количество находок	Худшее e-value до порога	Лучшее e-value после порога	E-value MINC_ECOLI
1	157	0.001	0.001	8e-171
2	188	8e-08	0.003	9e-119
3	188	4e-12	0.001	4e-112

Проверив результаты на расходимость при разных значениях порога, можно сделать вывод, что даже при 0,0011 они уже начинают расходится, то есть этот порог - максимальный.

Расходимость при бОльших порогах происходит потому, что таким образом устанавливаются менее строгие параметры для поиска последовательностей, соответственно, они становятся все менее похожи друг на друга, выделить "среднее" все труднее, и, как следствие, каждый раз находится все больше новых результатов и поиск не сходится. При установки же параметра на 0,001 в данном случае какие-то "мешающие" белки отсекаются и результаты сходятся.