Главная Семестры Проекты Обо мне

Поисковые системы

1.Поиск моего белка в банке SwissProt с помощью SRS и описание "особенностей" в его аминокислотной последовательности

SRS
В разделе "Library page" отметила 'UniPRotKB/Swiss-Prot'
Выбрала "Standard Query Form"
В одном из полей запроса выбрала ID и внесла в окошко идентификатор моего белка (ENGB_BACSU).
Нажала на кнопку "Search". Проследовала по гиперссылке в левом столбце таблицы.
Перешла в раздел вверху страницы, где выбрала произвольные три особенности:




 Альфа-спираль - образована 3 аминокислотными остатками (с 15 по 17):
пролином (P), глутаминовой кислотой (E) и глутамином (Q).





 Третий бета-тяж - образован 6 аминокислотными остатками (с 62 по 67):
лейцином (L), аспарагином (N), фенилаланином (F), тирозином (Y), и двумя изолейцинами (I).





 Второй поворот - образован 3 аминокислотными остатками (с 176 по 178):
серином (S), глутаминовой кислотой (E) и треонином (T).

2.Получение и сохранение описания всех записей банка трёхмерных структур PDB, относящихся к моему белку

Находясь на странице с информацией о белке, в левой части страницы в блоке нажала на кнопку , после чего перешла на страницу находок
Выбрала раздел , в котором отметила галочкой базу данных . Затем нажала на кнопку

в верхней левой части страницы.
Получив список документов PDB, нажала на кнопку в графе в верхней левой части страницы.
Перейдя на страницу параметров сохранения информации, отметила в блоке , после чего нажала на кнопку в нижней правой части страницы.
Таким образом, сохранив полученную информацию, я получила файл pdb_info_engb_bacsu.txt, в котором записана информация о всех записях, которые были в "находках".

3.Поиск полноразмерных белков из Firmicutes, имеющих функцию, сходную с функцией белка ENGB_BACSU из Bacillus subtilis

В одном из полей запроса выбрала "Taxonomy" и внесла в окошко "Firmicutes"
В следующем поле выбрала "Comments: Comment" и внесла в окошко описание функций или отдельные слова из описания. После чего нажала кнопку поиска "Search"

Запрос всех последовательностей
Формулировка функции белкаСтрока запросаКоличество найденных документов
 Необходим для нормального деления клеток
(normal & cell & division)
 ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ((([swissprot-Comment:normal*] & [swissprot-Comment:cell*]) & [swissprot-Comment:division*]) > parent ))
 143
 Поддерживает септацию - деление септами на камеры
(maintenance & of & normal & septation)
 ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & (((([swissprot-Comment:maintenance*] & [swissprot-Comment:of*]) & [swissprot-Comment:normal*]) & [swissprot-Comment:septation*]) > parent ))
 140
 Упоминание в описании функции "деления клеток"
(cell; division)
 (([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Comment:cell*] > parent )) & ([swissprot-Comment:division*] > parent ))
 1082

Для поиска только полноразмерных последовательностей выбрала в новом поле запроса "Description" и записала в окошко "*!fragment"

Запрос только полноразмерных последовательностей
Формулировка функции белкаСтрока запросаКоличество найденных документов
 Необходим для нормального деления клеток
(normal & cell & division)
 (([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ((([swissprot-Comment:normal*] & [swissprot-Comment:cell*]) & [swissprot-Comment:division*]) > parent )) & ([swissprot-Description:*] ! [swissprot-Description:fragment*]))
 143
 Поддерживает септацию - деление септами на камеры
(maintenance & of & normal & septation)
 (([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & (((([swissprot-Comment:maintenance*] & [swissprot-Comment:of*]) & [swissprot-Comment:normal*]) & [swissprot-Comment:septation*]) > parent )) & ([swissprot-Description:*] ! [swissprot-Description:fragment*]))
 140
 Упоминание в описании функции "деления клеток"
(cell; division)
 ((([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Comment:cell*] > parent )) & ([swissprot-Comment:division*] > parent )) & ([swissprot-Description:*] ! [swissprot-Description:fragment*]))
 1081

4.Сохранение полноразмерных последовательностей найденных белков в fasta формате

Вернулась к наиболее подходящему запросу из задания 3. Выбрала 10 последовательностей (только 10, потому что находок было много) и сохранила в следующем файле all_fasta_files_similar_engb_bacsu.fasta.

5.Сохранение списка последовательностей из задания 4, в котором указаны ID, AC последовательностей, организм (Species), название белка (Description) и длина последовательности (Sequence Length)

Вернулась к стандартной форме запроса, ввела тот же запрос. Сохранила результат в файл ten_similar_engb_bacsu.xls.

©Melnichuk Anastasia