| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 814.5 | 51.1 | 66.0 | 14 | 4 |
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl trancferase subunit beya | ACCD_ECOLI | ACCD_BACSU | 597.0 | 41.3 | 58.4 | 36 | 7 |
| Acetate kinase | ACKA_ECOLI | ACKA_BACSU | 821.0 | 43.0 | 63.6 | 23 | 11 |
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 823.5 | 53.8 | 69.6 | 3 | 2 | 97.5 | 94.8 |
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl trabsferase subunit beta | ACCD_ECOLI | ACCD_BACSU | 614.0 | 48.5 | 66.5 | 5 | 3 | 84.9 | 87.9 |
| Acetate kinase | ACKA_ECOLI | ACKA_BACSU | 823.5 | 43.3 | 64.2 | 21 | 10 | 98.0 | 98.5 |
Глобальное выравнивание
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1) Flavodoxin 1 2) Probable flavodoxin 2 |
FLAV_ECOLI | FLAW_BACSU | 164.0 | 24.0 | 37.2 | 65 | 5 |
Локальное выравнивание
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Flavodoxin 1 Probable flavodoxin 2 |
FLAV_ECOLI | FLAW_BACSU | 172.5 | 35.0 | 55.8 | 5 | 2 | 65.9 | 77.5 |
Из таблицы видно, что вес выравнивания негомологичных белков гораздо меньше, чем вес выравниваний гомологичных. При этом процент идентчных аминокислот составляет 24 и 35 процентов в глобальном и локальном выравниваниях соответственно.
Таким образом мы показали, что сходство последовательностей негомологичных белков довольно низкое.
Для множественного выравнивания я взяла мнемонику ACCA.
По запросу в UniProtKB с этой мнемоникой нашлось 470 белков, из них 463 занесены в Swiss-Prot. Из них были выбраны первые пять (не считая данных ECOLI и BACSU):
ACCA_PEA Pisum sativum (Garden pea)
ACCA_ARATH Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress)
ACCA_SALTY Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)
ACCA_PSEAE Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
ACCA_STRPN Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4)
Несложно заметить, что белки ACCA встречаются как у бактерий, так и у высших растений.
Выравнивание было получено через командную строку с помощью muscle
Результаты выравнивания можно посмотреть здесь: acca.jvp
Два белка заметно длиннее остальных: acca_pea и acca_arath длиннее остальных примерно на 500 аминокислот. Самый короткий белок - acca_strpn.
Наиболее консервативные участки: 210-215, 224-229, 230-240, 250-260, 292-306 (самый длинный участок с полнм совпадением по всем строкам).
График по числу совпадений этого выравнивания имеет выраженный пик в области 270-310. Первые 90 и последние 500 аминокислот сравниваются только по первым двум (самым длинным) последовательностям.