Ссылки на сгенерированные структуры:
Тимин (красным отмечены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой):
Ссылка на исходный файл
В сторону большой бороздки обращены атомы c7, c5, c4 и o4
В сторону малой бороздки обращены атомы c2, o2 и n1
| А-форма | В-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали | 28,03 | 30,91 | 43,50 |
| Число оснований на виток | 12 | 10 | 13 |
| Ширина большой бороздки | 7,98 | 17,21 | 7,20 |
| Ширина малой бороздки | 16,81 | 11,69 | 16,08 |
Остов образован следующими нуклеотидами:
| 2-8 | 71-66 |
|---|---|
| 49-53 | 65-61 |
| 37-44 | 33-26 |
| 10-12 | 25-23 |
При этом среди этих пар есть неканонические:
55_:[..U]U-**+-G[..G]:..18
38_:[..U]U-*---U[..U]:..32
44_:[..C]C-**--A[..A]:..26
13_:[..A]A-**+-A[..A]:..45
Помимо стебля, в молекуле есть дополнительные водородные связи у следующих нуклеотидов:
12 U-**--A [2] O2 - N6 2.80 N3 - N7 2.87
13 U-**+-G [1] O2 - N1 2.67
25 A-**+-A [2] N6 - N1 2.95 N1 - N6 2.80
26 A-**--U [2] N7 - N3 2.79 N6 - O2 2.59
27 G-**+-C [2] N1 - O2 2.78 N2 - N3 2.87
28 G-----C [3] O6 - N4 2.74 N1 - N3 2.75 N2 - O2 2.68