1. Я выбрала гавайского ворона Corvus hawaiiensis (hawaiian crow) как представителя воронов, чья сборка подходила под условия задания. На данный момент гавайский ворон считается исчезнувшим в дикой природе.
Представители врановых обладают очень высоким интеллектом, сравнимым с интеллектом приматов, некоторые используют орудия труда для добывания пищи. В том числе недавнее исследование показало наличие абстрактного мышления у новокаледонских ворон - Corvus moneduloides [1].
Найти достоверные источники с информацией о хромосомном наборе птиц рода Corvus мне не удалось. В найденной сборке для гавайского ворона было дано n=43, то есть соматическая клетка содержит 86 хромосом.
2. Поиск велся по названию рода - Corvus (crows). Было найдено 16 сборок, из которых 5 референсных и столько же аннотированных в RefSeq.
Ссылка на страницу NCBI3. Уровень сборки - Chromosome. Это значит, что есть последовательность одной или более хромосом, но она может содержать участки с неопределенной последовательностью.
4. Сборка является референсной. То есть она является высококачественной и отобранной специалистами как важная в качестве примера/референса.
Полученные данные представлены ниже:
| GenBank | GCA_020740725.1 |
|---|---|
| RefSeq | GCF_020740725.1 |
| Размер генома | 1.2 Gb |
| Scaffold N50 | 76.3 Mb |
| Scaffold L50 | 6 |
| Contig N50 | 23.1 Mb |
| Contig L50 | 15 |
Таблица 1: информация о полученной сборке
Scaffold N50 - в скаффолдах такой же длины или меньше содержится 50% нуклеотидов последовательности. Здесь эта длина равна 76.3 Mb
Scaffold L50 - минимальное количество скаффолдов, которые содержат 50% нуклеотидов последовательности. В данном случае половина нуклеотидов содержится в 6 скаффолдах
Contig N50 - аналогично значению N50 для скаффолдов, эта величина показывает длину, для которой выполняется, что контиги такой или меньшей длины содержат половину нуклеотидов последовательности. Здесь - значение для контига значитльно меньше, чем для скаффолда, и равно 23.1 Mb
Contig L50 - минимальное количество контигов, которые содержат 50% нуклеотидов последовательности. В данном случае - 15 контигов содержат половину нуклеотидов последовательности
Были скачаны следующие файлы:
- Genomic sequence, (FASTA)
- Sequence and annotation (GBFF)
- Proteins (FASTA)