Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Отобранные бактерии

Для построения филогенетического дерева я взяла следующие организмы:

Название Мнемоника NCBI taxonomy
Mycobacterium leprae MYCLE Cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Mycobacteriaceae; Mycobacterium
Mycobacterium tuberculosis MYCTU Cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Mycobacteriaceae; Mycobacterium; Mycobacterium tuberculosis complex
Mycolicibacterium vanbaalenii MYCVP Cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Mycobacteriaceae; Mycolicibacterium
Nocardioides sp. NOCSJ Cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Propionibacteriales; Nocardioidaceae; Nocardioides; unclassified Nocardioides
Rhodococcus jostii RHOJR Cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Nocardiaceae; Rhodococcus
Rubrobacter xylanophilus RUBXD Cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Rubrobacteria; Rubrobacterales; Rubrobacteraceae; Rubrobacter
Streptomyces avermitilis STRAW Cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Kitasatosporales; Streptomycetaceae; Streptomyces
Thermobifida fusca THEFY Cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Streptosporangiales; Nocardiopsaceae; Thermobifida
Таблица 1: Отобранные виды бактерий

Скобочная формула

(RUBXD,(((STRAW,THEFY),NOCSJ),(RHOJR,(MYCVP,(MYCTU,MYCLE)))));

Филогенетическое дерево

Рисунок 1: Филогенетическое дерево, построенное с помощью iTol

Ветви дерева

Всего здесь 5 нетривиальных ветвей:

{THEFY, STRAW} и {RUBXD, NOCSJ, RHOJR, MYCVP, MYCLE, MYCTU}

{NOCSJ, THEFY, STRAW} и {RUBXD, RHOJR, MYCVP, MYCLE, MYCTU}

{NOCSJ, THEFY, STRAW, RUBXD} и {RHOJR, MYCVP, MYCLE, MYCTU}

{MYCLE, MYCTU} и {MYCVP, RHOJR, STRAW, THEFY, NOCSJ, RUBXD}

{MYCLE, MYCTU, MYCVP} и {RHOJR, STRAW, THEFY, NOCSJ, RUBXD}

Из этих ветвей некоторые соответствуют следующим таксонам:

{MYCLE, MYCTU} - Mycobacterium

{MYCLE, MYCTU, MYCVP} -Mycobacteriaceae

{RHOJR, MYCVP, MYCLE, MYCTU} - Mycobacteriales

{THEFY, STRAW, NOCSJ, RHOJR, MYCVP, MYCLE, MYCTU} - Actinomycetes