Выравнивание последовательностей

Таблица 1.Глобальное парное выравнивание гомологичных белков.

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
High affinity zinc uptake system membrane protein znuB	ZNUB_ECOLI	ZNUB_BACSU	316.5	29.8	49.6	23	6
Cell division protein ZapA	ZAPA_ECOLI	ZAPA_BACSU	41.5	13.2	29.8	48	6
Zinc uptake regulation protein	ZUR_ECOLI	ZUR_BACSU	93.0	21.0	33.7	46	9

Таблица 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков.

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
High affinity zinc uptake system membrane protein znuB	ZNUB_ECOLI	ZNUB_BACSU	319.0	30.4	51.5	13	3	95.9%	99.3%
Cell division protein ZapA	ZAPA_ECOLI	ZAPA_BACSU	50.0	16.5	48.1	9	3	97.5%	91.1%
Zinc uptake regulation protein	ZUR_ECOLI	ZUR_BACSU	104.5	25.0	42.1	14	5	96.4%	93.6%

Таблица 3. Глобальное выравнивание негомологичных белков.

Protein Name 1	Glutamate-pyruvate aminotransferase AlaC
Protein name 2	Vegetative catalase
ID 1	ALAC_ECOLI
ID 2	CATA_BACSU
Score	42.0
% Identity	7.6
% Similarity	12.8
Gaps	529
Indels	15

Таблица 4. Локальное выравнивание негомологичных белков.

Protein Name 1	Glutamate-pyruvate aminotransferase AlaC
Protein name 2	Vegetative catalase
ID 1	ALAC_ECOLI
ID 2	CATA_BACSU
Score	57.5
% Identity	22.1
% Similarity	36.9
Gaps	37
Indels	6
Coverage 1	91.9%
Coverage 2	83.2%

Как можно видеть из таблицы 4, локальное выранивание негомологичных белков показывает в среднем тот же процент идентичности и схожести, значительные отклонения видны в глобальном выравнивании(таблица 3). Также в глобальном выранивании видно большое количество гэпов и иделей.

Глобальное выравнивание белков ZUR_ECOLI и ZUR_BASCU (Zinc uptake regulation protein) в виде проекта Jalview

Множественное выравнивание белков ZAPA(Cell division protein ZapA) в виде проекта Jalview

Во время поиска белка Zinc uptake regulation protein(ZAPA), он был обнаружен у 95 организмов. В данном проекте представлены выравнивания его последовательности у 7 из них. Белки ZAPA_SHIBS, ZAPA_ECOLI, ZAPA_SALPK, ZAPA_CITK8 выровнялись хорошо, заметна четкая структура, их можно считать гомологичными. Белки ZAPA_OCEIH, ZAPA_BACAH, ZAPA_BACSU вряд ли можно считать гомологичными предыдущим четырём, так как их последовательности имеют скорее случайные, чем регулярные совпадения. Таблицы 1 и 2 данной страницы, рассматривающие белки ZAPA_BACSU и ZAPA_ECOLI, так же показывают, что данные белки имеют довольно маленький процент идентичности и сходства.