Выравнивание последовательностей

Карта локального сходства полипротеинов вируса полиомиелита и вируса ящура

Таблица 1.Характеристики двух лучших выравниваний
ХарактеристикаВыравнивание 1Выравнивание 2
Score644398
Score(bits)252157
% Identity2937
% Similarity4951
Length (Poliovirus)615277
Length (Aphthovirus)644263
Gaps5926



Выравнивание 1Выравнивание 2
Название зрелых белков Poliovirus:Protein 3CDНазвание зрелых белков Poliovirus: Protein 2C
Названия зрелых белков Aphthovirus:Picornain 3C
RNA-directed RNA polymerase 3D-POL
Названия зрелых белков Aphthovirus:Protein 2C


Сравнение веса выравнивания со случайным

ГОМОЛОГИЧНЫЕ БЕЛКИ
НЕРОДСТВЕННЫЕ БЕЛКИ
ID 1: ZNUB_ECOLI ID 1: ALAC_ECOLI
ID 2: ZNUB_BACSU ID 2: CATA_BACSU
Вес выравнивания:319.0 Вес выравнивания: 57.5
Медиана(случайные выравнивания):69.25 Медиана(случайные выравнивания): 47.25
Верхний квартиль(случайные выравнивания):76.5 Верхний квартиль(случайные выравнивания): 53.5
Вес в битах:36 Вес в битах: 3
Вероятность:1.455*10^(-11) Вероятность:0.125


BLAST:Поиск гомологов в банке

AC:P45792.1AC:P22608.2
ID:TAPB_AERHYID:PILB_PSEAE
Organism:Aeromonas hydrophilaOrganism:Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 /
DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 /
LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1)
% Identity44% Identity:44
% Similarity:635 Similarity61
Length 1 (my protein):546Length 1(my protein):562
Length 2:509Length 2:522
Gaps:43Gaps:46
Score:1154Score:1136
Score (bits):449Score (bits):442
Expect:1e-150Expect:7e-148
% Coverage:89% Coverage:91


©Кондратенко Наталья, 2017