Был проведен поиск гомологов белка AMW05505.1(Type II secretion system protein E организма
Gemmatimonas phototrophica) в банке Swiss Prot с помощью BLAST.
| Число находок: 49 |
| Число находок с E-value < 0.001: 21 |
| Максимальное E-value: 8.4 |
В данном случае число находок ограничено значением E-value(так как максимальное число находок по умолчанию - 100, а найденных -49). Соответсвенно, при изменении порога
E-value число находок скорее всего возрастет.
Теперь изменяем длину слова с 6 на 2, что обеспечивает большую точность и объём поиска.
| Число находок: 87 |
| Число находок с E-value < 0.001: 23 |
| Максимальное E-value: 10 |
После увеличения максимально разрешенного E-value число находок изменилось до 100, а максимальное E-value стало равно 13 - то есть, в данном случае поиск опять был ограничен порогом
E-value.
Исходя из общего числа находок и тех, чей E-value был меньше 0,001, получилось, что несмотря на то, что самих находок стало больше, число находок, которых можно назвать
значимыми, возросло не сильно(но все-таки возросло, поэтому чем меньше длина слова, тем более успешным будет поиск).
Был произведен поиск с теми же параметрами, по таксономической группе Proteobacteria.
| Число находок: 100 |
| E-value данной находки(у организма Neisseria gonorrhoeae, AC белка:Q06581) в данном поиске : 2e-29 |
| E-value данной находки(у организма Neisseria gonorrhoeae, AC белка:Q06581) в предыдущем поиске: 8e-29 |
По e-value можно судить, что организмы группы Proteobacteria занимают 1/4 часть всех найденных в первом поиске организмов.
Score не зависит от объема поиска, а только от матрицы.