Выравнивание последовательностей

Для множественного выравнивания были взяты следующие последовательности, соотвественно:RPOD_NEIGO, RPOD_ECOLI, RPOD_RHOCA, которые соответствуют белку RNA polymerase sigma factor RpoD у организмов Neisseria gonorrhoeae, Escherichia coli (strain K12), Rhodobacter capsulatus.
На приведенном изображении показаны три выравнивание: первое получено с помощью программы muscle, второе - с помощью программы mafft, третье - с помощью программы t-coffee. Как видно, аспартату ASP255 белка RPOD_RHOCA соответствуют у RPOD_ECOLI: глицин GLY в выравниваниях программами mafft и t-coffee, и глутамат GLU в выравнивании программой muscle. В последнем случае GLY смещается на 2 позиции вперед. В RPOD_NEIGO: серин SER в выравнивании программой t-coffee и глутамин GLU в выравниваниях с помощью muscle и mafft.

На позиции, соответствующей в RPOD_RHOCA TYR240 поставлены в RPOD_ECOLI:GLU при выравнивании программами muscle и t-coffee и ASP при выравнивании программой mafft. В RPOD_NEIGO: GLU, при выравнивании программами muscle и mafft, и LYS -при выравнивании программой t-coffee.

PRO233 в RPOD_RHOCA соотвествуют в белке RPOD_ECOLI:VAL - при выравнивании программами muscle и t-coffee, LEU - при выравнивании программой mafft. В белке RPOD_NEIGO: PRO при выравнивании программами muscle и mafft, и LEU - при выравнивании с помощью T-coffee.

Здесь можно наблюдать, что GLN289 в RPOD_NEIGO соответствуют у ECOLI: GLU при выравнивании программой muscle, символ гэпа - при выравнивании программой mafft и VAL -при выравнивании программой t-coffee. У RHOCA на данной позиции стоит LEU при во всех трёх выравниваниях.
Ссылка на проект JalView с множественным выравниванием