bedtools bamtobed -i out.bam >> reads.bed | Переводит файл out.bam из формата .bam в формат .bed (выходной файл - reads.bed)
Опция -i обозначает,
что |
bedtools intersect -c -a /P/y14/term3/block4/SNP/rnaseq_reads/gencode.genes.bed -b reads.bed > intersect.bed | Ищет пересечения ридов с разметкой генов
, считает их количество и записывает это в файл intersect.bed |
grep -r "chr20" intersect.bed > intersect2.bedexit | Записывает в файл intersect2.bed только пересечения с разметкой генов 20-й хромосомой. |
grep -v "0$" intersect2.bed > intersect3.bed | Записывает в файл intersect3.bed только ненулевые пересечения |
bedtools intersect -a /P/y14/term3/block4/SNP/rnaseq_reads/gencode.genes.bed -b reads.bed -wa -wb > oneread.bed | Опция -wa -wb записывает в файл
oneread.bed таким образом, что одна строка соответствует одному покрытию ридом |
bedtools coverage -a /P/y14/term3/block4/SNP/rnaseq_reads/gencode.genes.bed -b reads.bed | grep -r "chr20" > chr20cov.bed | Считает покрытие разметки нашими
ридами, удаляем всё, кроме хромосомы 20 |
sort -u chr20cov.bed > sorted.bed | Удаляет все повторы и записывает жто в файл sorted.bed |
grep -v "0.0000000" sorted.bed > sorted2.bed | Записывает все строки с ненулевыми покрытиями в файл sorted2.bed |