Для подготовки k-меров длины 29 была ипользована программа velveth с помощью следующей команды:
velveth SRRreads 29 -fastq readsSRRv2.fastq -short
-fastq означает что наш файл имеет расширение .fastq, а не .fasta. 29 - длина k-меров, SRRreads - папка, которая содержит файлы: Log, Roadmaps и Sequences.
Далее была использована программа velvetg:
velvetg SRRreads
N50:31053
Наиболее длинные контиги имеют длины:
контиг №5 82103(покрытие 47.938394)
контиг №2 70497(покрытие 49.611546)
конти г№6 49941(покрытие 48.604493)
Контиги, отличающиеся по покрытию:
контиг №43: длина:935, покрытие:242.998930
контиг №23: длина:1751, покрытие:234.550543
Анализ
Было проанализировано, как три приведённых выше контига с наибольшей длиной ложатся на хромосому Buchnera aphidicola
Комментарии к таблице: Контиг 2:
8 участков выравнивания. 3 заметных разрыва.
Котинг5:
Всего получилось 14 участка выравнивания. Видно 2 больших разрыва и ещё 4 разрыва поменьше.
Контиг 6:
Всего получилось 5 участков выравнивания. Видно 2 больших разрыва.
Было проанализировано, как три приведённых выше контига с наибольшей длиной ложатся на хромосому Buchnera aphidicola
| Contig ID | Length | E-value | % Identity | Gaps | Chains | Chr start | Chr end | Read start | Read end | |
| 2 | 70497 | 0.0 | 81% | 1415(общее число) | +/+ | 528977 | 594099 | 1 | 67134 | Несколько выравниваний, расшифровано в комментариях к таблице |
| 5 | 82103 | 0.0 | 77% | 2032 | +/+ | 451729 | 529004 | 2388 | 82131 | |
| 6 | 49941 | 0.0 | 75% | 1320 | +/+ | 127825 | 173180 | 53 | 45435 |
Комментарии к таблице: Контиг 2:
8 участков выравнивания. 3 заметных разрыва.
Котинг5:
Всего получилось 14 участка выравнивания. Видно 2 больших разрыва и ещё 4 разрыва поменьше.
Контиг 6:
Всего получилось 5 участков выравнивания. Видно 2 больших разрыва.
©Кондратенко Наталья, 2017