Алгоритм BLAST, матрицы BLOSUM, карты локального сходства
1. Поиск отличий между двумя разными выравниваниями одних и тех же последовательностей
Для сравнения разных выравниваний использовались последовательности ципрозина (CYPR1_CYNCA) и просапозина (SAP_HUMAN). Было проведено 2 выравнивания: парное с использованием программы needle и множественное с помощью muscle с просапозином крысы (SAP_RAT). Ниже приведены 3 отличия этих выравниваний:
1. Lys5 (CYPR1_CYNCA) и гэп (SAP_HUMAN) в выравнивании needle, Lys5 (CYPR1_CYNCA) и Leu11 (SAP_HUMAN) в множественном выравнивании
2. Ala473 и Cys412, Ala473 и гэп
3. Leu1 и гэп, Leu1 и Leu7
2. Построение и описание карты локального сходства двух белков
Для выполнения этого задания использовались те же белки, что и в 1 упражнении. Их характеристики приведены в Таблице 1.
| ID | AC | Рекомендуемое имя |
|---|---|---|
| CYPR1_CYNCA | P40782 | Cyprosin |
| SAP_HUMAN | P07602 | Prosaposin |
CYPR1_CYNCA 282 MSQQCKSLVDQYGKSMIEMLLSEEQPEKICSQMKLCSFDGSHDTSMIIESVVDKSKGKSS 341
+S++C+ +VD YG S++ +LL E PE +CS + LCS G+ ++ + K G
SAP_HUMAN 353 LSEECQEVVDTYGSSILSILLEEVSPELVCSMLHLCS--GTRLPALTVHVTQPKDGG--- 407
CYPR1_CYNCA 342 GLPMRCVPCARWVVWMQNQIRQNETEENIINYVDKLCERLPSP 384
C C + V ++ + +N T++ I+ ++K C LP P
SAP_HUMAN 408 ----FCEVCKKLVGYLDRNLEKNSTKQEILAALEKGCSFLPDP 446
Кроме того, было выполнено выравнивание ципрозина и просапозина программой water. У двух выравниваний нет различий.
Выравнивание программой water
В поле FT участкa 281-384 ципрозина указано, что этот фрагмент относится к сапозину B-типа, в поле FT просапозина говорится о том, что фрагмент 311-392 является сапозином B-типа 3, а 405-486 – сапозином В-типа 4. Карта, представленная на Рисунке 1, свидетельствует о том, что несколько последовательных участков просапозина схожи с фрагментом ципрозина. Более того, при дальнейшем рассмотрении полей FT оказывается, что в состав просапозина входит несколько разных сапозинов, а в ципрозине только 1 сапозин.
Рисунок 1. Карта локального сходства белков CYPR1_CYNCA и SAP_HUMAN