1. Информация о белке
Для того чтобы найти белок в UniProt, была использована форма "Retrieve/ID mapping" и PDB ID белка. Далее появляется таблица с данными необходимого белка. При изменения формата страницы на текстовый легче получить остальную необходимую информацию. Эти сведения представлены в
Таблице 1.
| Раздел UniProtKB | Swiss-Prot |
| UniProt ID | KAPCA_CRIGR |
| UniProt AC | P25321 |
| EMBL AC нуклеотидной записи | M63311 |
| PDB ID | 4WIH; 5LCP; 5LCQ; 5LCR; 5LCT; 5LCU; 5M0B; 5M0C; 5M0L; 5M0U; 5M6V; 5M6Y; 5M71; 5M75; 5MHI; 5N1D; 5N1E; 5N1F; 5N1G; 5N1H; 5N1K; 5N1L; 5N1M; 5N1N; 5N1O; 5N32; 5N33; 5N36; 5N37; 5N39; 5N3A; 5N3B; 5N3C; 5N3D; 5N3E; 5N3F; 5N3G; 5N3H; 5N3I; 5N3J; 5N3K; 5N3L; 5N3M; 5N3N; 5N3O; 5N3P; 5N3Q; 5N3R; 5N3S; 5N3T; 5N7P; 5N7U; 5NTJ; 5NW8; 5O0E; 5O5M; 5OK3; 5OL3; 5OT3; 5OTG; 5OUA; 5OUC; 5OUS; 6EGW; 6EH0; 6EH2; 6EH3; 6EM2; 6EM6; 6EM7; 6EMA; 6EMB; 6EMD; 6ERS; 6ERT; 6ERU; 6ERV; 6ERW; 6ESA; 6F14; 6I2A; 6I2B; 6I2C; 6I2D; 6I2H |
| Длина | 351 |
| Молекулярная масса | 40620 |
| Рекомендуемое UniProt название | Full=cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha; Short=PKA C-alpha; EC=2.7.11.11 |
2. Описание кластеров UniRef
Для поиска кластеров UniRef также можно воспользоваться формой "Retrieve/ID mapping". В первое окошко можно ввести AC белка в UniProt и выполнить поиск в каждом из кластеров: UniRef50, UniRef90 и UniRef100. Результатом поиска являются таблицы, в которых есть все необходимые данные. Они приведены в Таблице 2.
| UniRef | ID | Название | Размер |
|---|---|---|---|
| UniRef100 | UniRef100_P25321 | cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha | 2 |
| UniRef90 | UniRef90_P05132 | cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha | 21 |
| UniRef50 | UniRef50_P05132 | cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha | 1212 |
3. Результаты сеансов поиска в UniProt
Проведены сеансы поиска в UniProt:
По рекомендованному названию белка из Таблицы 1
По тому же названию среди белков организма, указанного в Таблице 1
По тому же названию среди белков из организмов того же семейства
По тому же названию среди белков из организмов того же отдела
По названию "лизоцим" в трёх вариантах: без ограничения на организмы и среди Членистоногих и Грибов
Два поиска: один по названию "трипсин", другой – позволяющий отсеять ингибиторы трипсина.
Результаты сеансов поиска представлены в Таблице 3.
| Текст запроса | Количество найденных белков | Количество белков из Swiss-Prot |
|---|---|---|
| name:pka name:c-alpha | 8 | 8 |
| name:pka name:c-alpha organism:crigr | 1 | 1 |
| name:pka name:c-alpha taxonomy:cricetidae | 1 | 1 |
| name:pka name:c-alpha taxonomy:chordata | 8 | 8 |
| lysozyme | 375193 | 1004 |
| name:lysozyme taxonomy:fungi | 429 | 2 |
| name:lysozyme taxonomy:arthropoda | 951 | 21 |
| name:trypsin | 29530 | 320 |
| name:trypsin NOT inhibitor | 24488 | 97 |