BLAST

Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка в разных базах данных

Для белка MntR Bacillus Subtilis поиск преполагаемых гомологов проводился по 3м базам банных: Swiss-Prot, PDB(Protein Data Bank proteins) и "nr"(Non-redundant protein sequences). Результаты представлены в таблице 1.

Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка MNTR_BACSU

Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка XXXX_BACSU

  Поиск по Swiss-Prot Поиск по PDB Поиск по "nr"

1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка)

Accession P54512.2 1ON1 ZP_03592222.1
E-value 4e-99 3e-100 2e-97
Вес (в битах) 287 287 287
Процент идентичности 100% 100% 100%

2. Число находок с E-value < 10–10

 25 8 871

3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)

Номер находки в списке описаний 35 16 2473
Accession Q6HPH4.1 2ETH ZP_06116287.1
E-value 0,65 0,86 0,99
Вес (в битах) 32,7 29,3 37,4
% идентичности 29 34 40
% сходства 52 52 67
Длина выравнивания 108 67 40
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) в запросе: 12-116
в находке:7-103		 в запросе: 21-80
в находке:57-122 		в запросе: 13-52
в находке:19-58
Число гэпов 14 8 0

Комментарий к таблице:
Среди находок в базах данных сам белок найти удалось, в том числе и в PDB.
Причины такого расхождения в количестве найденных гомологов кроются в объемах баз данных. "nr" - самая крупная из них, но может содержать непроверенные результаты, поэтому и находок в ней больше всего. База данных PDB содержит меньше всего белков, потому что исследована 3D-структура далеко не всех белков, следовательно, и находок меньше всего. Всего находок по самой крупной базе данны с E-value=1 2473 . E-value последней находки - 0,92. В данном случае число находок было лимитировано значением E-value.

Поиск лучшего гомолога по таксонам, филогенетически как можно более далеким

Первый гипотетический гомолог был найден в отделе Actinobacteria (другого отдела того же царства, к которому принадлежит Bacillus Subtilis). Этим белком для базы данных Swiss-Prot явяется Diphtheria toxin repressor. Для базы данных PDB - Chain A, Iron Dependent Regulator. Для "nr" - DtxR family iron dependent repressor.
  Поиск по Swiss-Prot Поиск по PDB Поиск по "nr"
Номер находки в списке описаний 1 2 1
Accession Q4JV96 1B1B_A YP_643435.1
E-value 7e-09 2e-08 9e-14
Вес (в битах) 51,6 42 70,5
% идентичности 32 30 39
% сходства 57 52 63
Длина выравнивания 100 103 103
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) в запросе:5-103
в находке:7-106		 в запросе:5-106
в находке:7-109 		в запросе:5-106
в находке:15-116
Число гэпов 1 1 2

BLAST двух последовательностей

С посощью программы BLAST было сделано парное выравние белка MntR Bacillus Subtilis и его гомолага по базе данных Swiss-Prot.
На рисунке 1 и рисунке 2 представлены карты локального сходства последовательностей для порога на E-value, равному 10 и порога E-value, равному одной сотой.
Рисунок 1. Карта локального сходства при E-value, равном 10.

Рисунок 2. Карта локального сходства при E-value, равном 0,01


© Ходыкина Наталья,2012