PSI-BLAST

Составление семейства гомологов для последовательности с помощью PSI-BLAST

Программа PSI-BLAST предназначена для поиска отдаленных гомологов. Для работы программа использует профили, построенные на основе уже найденных гомологов. Поиск представляет собой несколько проведение нескольних итераций до получения сходящегося результата. Для работы был использован белок с идентификатором Q1AHR3 (Bcl-2-подобный белок). Из очередной итерации исключались находки далеких таксономических групп, мембранные белки (Bcl-2-подобные белки - цитоплазматические белки), находки с большим разрывом E-value.

Таблица 1. Основые параметры пяти итераций по поиску гомологов белка Q1AHR3

Номер итерации	Число находок выше порога (0,005)	Идентификатор худшей находки выше порога	E-value этой находки	Идентификатор лучшей находки ниже порога	E-value этой находки
1	11	XP_003476407.1	2e-14	WP_000741605.1	6.4
2	13	YP_002504308.1	0.005	YP_005335608.1	0.005
3	13	XP_002456662.1	5e-04	YP_005335608.1	0.039
4	14	XP_002840245.1	0.004	XP_001374114.2	0.010
5	17	XP_002840245.1	0.004	XP_001374114.2	0.005

Для проверки того, действительно ли полученные белки являютcя гомологичными, было построено множественное выравнивание. Выравнивание можно посмотреть здесь. В выравнивании четко видны блоки, что дает основания предполагать, что найденные белки действительно яляются гомологами белка, с которым велась работа.

Рисунок 1. Выравнивание белков, найденных программой PSI-BLAST, как гомологи белка с идентификатором Q1AHR3.