Описание программ

EMBOSS

Команда infoseq

Infoseq выводит информацию о последовательности белка или ДНК.

Синтанксис: infoseq [сокращенное название базы данных]:[идентификатор последовательности в этой базе данных]

Пример 1: В случае с белком Transcriptional regulator MntR (MntR) запрос в банк банных SwissProt выгдядит следующим образом: infoseq sw:mntr_bacsu

Команда выдает следующую информацию о последовательности белка:

USA (Uniform Sequence Address)
Database (база данных, в которой хранится последовательность)
Name (название)
Accession (идентификатор в данной базе данных)
Type (тип последовательности: белок(P) или ДНК(N))
Length (длина последовательности)
Organism (организм, из которого данная последовательность получена)
Description (описание последовательности)

С помощью опций команды можно добиться различных сочетаний отображаемых колонок информации. (см. пример 2)

Опции команды

Опция	Функция
- outfile	Если ввести сюда имя файла, то программа перенаправит выводимую информацию в данный файл.
- html	Выведет информацию в виде HTML-таблицы. (см. пример 2)
-only	Используется в сочетании с другими опциями, обозначвющих названия колонок. Выводит только содержимое указанной/указанных колонки.
-no[название колонки]	Не отбражает содержимое выбранной колонки
- usa	Работает только вместе с опцией -only. Отображает содержимое только колонки usa.
-database	Работает только вместе с опцией -only. Отображет содержимое только колонки database.
-name	Работает только вместе с опцией -only. Отображет содержимое только колонки name
- accession	Работает только вместе с опцией -only. Отображет содержимое только колонки accession
-gi	Работает только вместе с опцией -only. Отображет содержимое только колонки gi
-sedversion	Работает только вместе с опцией -only. Отображет содержимое только колонки version
-type	Работает только вместе с опцией -only. Отображет содержимое только колонки type
-lenght	Работает только вместе с опцией -only. Отображет содержимое только колонки lenght
-pgs	Работает только вместе с опцией -only. Отображет содержимое только колонки persent GC content
-organism	Работает только вместе с опцией -only. Отображет содержимое только колонки organism
-description	Работает только вместе с опцией -only. Отображет содержимое только колонки desscription
- help	Выводит информацию о программе.

Пример 2:
Мы хотим вывевести только колонки name , type , lenght , description , organism в виде html-таблицы.
Для этого введем команду: infoseq -html -only -name -type -length -description -organism sw:mntr_bacsu
Полученный резьтат:

Name	Type	Length	Organism	Description
MNTR_BACSU	P	142	Bacillus subtilis (strain 168)	Transcriptional regulator MntR (Manganese transport regulator)

Пример 3:
Вывести информацию без колонки database и перенапривить в файл.
Полученная команда: infoseq -noDatabase sw:mntr_bacsu >>term2/block1/pr1/test3.txt
В данном случае мы использовалы еще команду >> , которая перенаправляет информацию в файл.

bash

bash (от англ. Bourne again shell) - Одна из наиболее популярных современных разновидностей командной оболочки UNIX. Особенно популярна в среде Linux, где она часто используется в качестве предустановленной командной оболочки.

Потоки и способы их перенаправления

Взаимодействие с пользователями осуществляется через запись и чтение файлов. Ввод представляется как чтение файла, запись - как вывод. Файл, из которого осуществляется чтение - стандартный потокок ввода, а в который осуществляется запись — стандартным потоком вывода. Помимо потоков ввода и вывода, существует еще и стандартный поток ошибок, на который выводятся все сообщения об ошибках и те информативные сообщения о ходе работы программы, которые не могут быть выведены в стандартный поток вывода.

Потоки

0	stdin	Вводной поток
1	stdout	Стандартный выводной поток
2	stderr	Выводной поток ошибок

Операторы перенаправдения потоков

Оператор	Действие
< file	Использовать файл как источник данных для потока ввода
> file	Перенаправить вывод в file. Файл будет или создан или перезаписан.
>> file	Перенаправление вывода в file. Данные дописываются вконец файла.
2> file	Перенаправляет вывод потока stderr в файл. Файл перезаписывается или создается заново.
2>> file	Перенаправляет вывод потока stderr в файл. Данные дописываются в конец файла.
&> file	Направить в файл стандартный поток вывода и стандартный поток ошибок
\| program1	Перенаправляет стандартный выводной поток в program 1

Спецсимволы bash .

Символ	Значение
/	Корневая папка диска. Является родительской для всех остальных.
~/	Домашняя дирректория пользователя
./	Текущая дирректория
../	Родительская по отношению к данной дирректория
*	Любой набор символов. Например, запись "orange*3" означет, что имеется в виду любой набор символов, начинающийся на "orange" и заканчивающийся на 3
?	Любой один символ
[ ]	Позволяет выбрать один символ, находящийся между двумя другими. Например, [a-z] выберет любую букву английского алфавита.
>,<,\|	Работа с перенаправлением потоков
'' (одинарные кавычки)	В одинарных кавычках все символы воспринимаются буквально. Становится необходимым, например, когда имя файла содержит спецсимволы - a>bc*de.txt
;	Позволяет в одной строке записать несколько последовательно выполняемых команд
\символ	С любым символом воспринимается буквально. "\символ" воспринимается как "символ"