Поиск мотивов, программы MEME и MAST

Поиск мотивов (блоков достоверного выравнивания) среди гомологов белка MntR Bacillus subtilis

Для работы был взят набор гомологов, полученный посредством BLAST. Затем, с помощью программы MEME (ememe в пакете EMBOSS), найдены 4 мотива. Их основные характеристики показывает таблица 1.

Таблица 1. Основые параметры мотивов, найденных среди гомологов белка MntR Bacillus subtilis с помощью программы MEME

№	Число последовательностей (из 27)	Длина мотива	E-value	LOGO
1	27	50	2.1e-381
2	27	21	6.1e-147
3	10	26	1.0e-066
4	27	15	4.3e-088

Сравнение блоков, найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle

Было проведено визуальное сравнение множественного выравнивания, выданного muscle, и блоками, найденными MEME. Его результаты представлены на рисунке 1 и jar-файле.

Рисунок 1. Мотивы и множественное выравнивание. Внизу последовательности мотивов.

Для первого мотива совпадение с полным выравниванием не полное: отсутствуют гэпы. Причиной сдвига могло послужить отсутствие гэпов в блоках. Во втором случае выравнивания ничем не отличаются. В случае третьего мотива, учавствуют не все последовательности, а только часть. Они как раз относятся к тем длинным последовательностям, у которых на месте гэпов полного выравнивания исходного белка находится большая "петля". Выравнивание четвертого мотива совпадает с полным выравниванием.

Поиск найденных мотивов в других последовательностях

Программой MAST был проведен поиск мотивов, найденных программой MEME в последовательностях, из которых составлено выравнивание (seed) одного из доменов белка MNTR_BACSU, взятое из Pfam. С результатом работы программы можно ознакомиться здесь
В одном белке из 10 белков в seed нашелся второй мотив. Последовательностей, в которых есть все 4 мотива, нет. На основании этого можно считать, что выравнивание из Pfam слабо коррелирует с мотивами найденными при поиске гомологичных белков.