Классификация ферментов

Сбор информации о ферменте

Для работы был выдан фермент с АС P54840. Его ЕС 2.4.1.11, что означает, что это фермент класса трансфераз, подкласса гликозилтрансфераз, подподкласса гексозилтрансфераз, его индивидуальный номер в этом подподклассе 11. Фермент катализирует реакцию 1,4-присоединения молекулы глюкозы к гликогену. Схема реакции, катализируемой ферментом представлена на рисунке 1.

Рисунок 1. Схема реакции, катализируемой ферментом ЕС 2.4.1.11

Число ферментов человека с близкими функциями, описанных в Swiss-Prot

С данным ферментом три общих уровня классификации имеют 4084 фермента, 4 уровня классификации 44 белка, общие только класс и подкласс у 11174 белков, а белков класса трансфераз 77857ю

Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

С помощью UniProt получили список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых, класс совпадает к классом выданного для работы фермента. Полученные последовательносьи в Fasta формате можно посмотреть здесь. С текстовой таблицей, где против ID каждого белка указан его полный ЕС-код, можно ознакомиться здесь.

С помощью программы blast среди найденных последовательностей провели поиск гомологов. Было использовано стандартное пороговое значение e-value - 10.
makeblastdb -in mysh.fasta -dbtype prot -out mysh
blastp -query enzyme.fasta -db mus -out homolog.txt
В итоге было найдено здесь.