Алгоритмы реконструкции деревьев

Укоренение в среднюю точку.

Неукорененное дерево из предыдущего задания (метод neighbor-joining):

Это же дерево, укороненное в среднюю точку с помощью программы retree:

(укоренение в ветвь {CLOTE,CLOB1,BACSU,BACAN} vs {LACAC,STRPN,LACLM})

Правильное дерево:

(укоренение в ветвь {CLOTE,CLOB1} vs {BACSU,BACAN,LACAC,STRPN,LACLM})

Видно, что укоренение в среднюю точку не дало правильного результата.

Не имеет смысла укоренять таким образом деревья, построенные методом UPGMA, так как этот метод, в отличие от neighbor-joining, предполагает молекулярные часы.

Использование внешней группы.

Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") нельзя укоренить в среднюю точку, так как этот метод не реконструирует длины ветвей.

Укоренение с помощью внешней группы

Выровняем исходные белки вместе с белком из E. coli (внешняя группа); построим в MEGA дерево методом максимальной экономии; укореним его в ветвь, идущую к E. coli. Получившееся дерево:

Дерево совпадает с правильным.

Бутстрэп.

Результат бутстрэп-анализа филогении белков:
Original tree:

Bootstrap consensus tree:

Оба дерева по топологии совпадают с правильным.