Реконструкция деревьев по нуклеотидным последовательностям

Построение дерева по нуклеотидным последовательностям.

Мнемоника	EMBL AC	Координаты рРНК	Цепь
BACAN	AE016879	82451 - 83957	Прямая
BACSU	AL009126	9810 - 11364	Прямая
CLOB1	CP000726	9282 - 10783	Прямая
CLOTE	AE015927	8715 - 10223	Обратная
LACAC	CP000033	59255 - 60826	Прямая
LACLM	AM406671	511423 - 512971	Прямая
STRPN	AE005672	15347 - 16895 (определено с помощью blastn)	Прямая

Файл с последовательностями s16 rRNA; выравнивание (получено с помощью muscle);
изображение выравнивания.

Дерево (метод neibor-joining):

Совпадает с правильным.

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги.

С помощью blastp найдем в геномах бактерий гомологи белка CLPX_BACSU: clpx.fasta; выровняем их программой muscle (изображение) и построим филогенетическое дерево (метод neibor-joining):

Примеры ортологов:
CLPX_CLOTE, CLPX_CLOB1;
CLPX_LACLM, CLPX_STRPN;
CLPX_BACSU, CLPX_BACAN.

Примеры паралогов:
CLPX_BACSU, CLPC_BACSU;
CLPX_BACAN, HSLU_BACAN;
B1SHF4_BACAN, B0AWL5_BACAN.