Построение и визуализация электронной плотности (ЭП)

Для работы структура белка должна соответствовать нескольким критериям:
1)Сервис EDS знает PDB-код.
2)В PDB есть экпериментальные данные о структуре.Разрешение PDB структуры - 2,4 А.
Выбор пал на глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназу (GAPDH, PDB ID - 1J0X). Она представляет из себя гомотетрамер с большим количеством гомологов во всех организмах, у которых есть гликолиз, то есть практически у всех.

Изображение гомотетрамера ГАФД.

Построение изображений электронной плотности

Файл с электронной плотностью можно получить на сайте EDS. На странице с информацией о записи PDB в разделе Download => "Maps" => заказать карту в формате по умолчанию (O и 2mFo-DFc).
Чтобы оценить качество модели пространственной структуры, представленной в PDB файле, были построены изображения электронной плотности для 3 уровней электронной плотности (ЭП) вокруг остова цепи P структуры фермента.
Слева направо. Уровни подрезки 1,2 и 3 соответственно

Затем были построены изображения электронной плотности для 3 уровней электронной плотности (ЭП) вокруг четырех аминокислотных остатков. Из этого представления видно, что, модель не абсолютно соотносится с распределением электронной плотности, полученной методом РСА, видны, например, области ЭП на тех местах модели, где ничего нет. Эти области при этом не могут принадлежать соседним асимметрическим единицам ячейки.


Слева направо. Уровни подрезки 1,2 и 3 соответственно

Ниже приведены картинки для остатков серина (гидрофильной АК) и фенилаланина (ароматической АК). В данном случае,плотность в большей степени соответствует положению атомов, а при рассмотрении третьего уровня наибольшая плотнось приходится на двойную связь С=О и атом азота N. Не смотря на то, что карта электронной плотности не совсем точно повторяет модель, этого качества, видимо, достаточно для реконструкции структуры.


Слева направо. Уровни подрезки 1,2 и 3 соответственно


Слева направо. Уровни подрезки 1,2 и 3 соответственно
© Ходыкина Наталья,2015