Определение вторичной структуры белка

Для работы был выбран белок MntR Bacillus Subtilis (рис.1)

Рис.1 Структура белка MntR Bacillus Subtilis
Для выяснения вторичной структуры использовалась программа DSSP, на вход ей был дан PDB-файл , с выдачей программы можно ознакомиться тут
3₁₀

Вид структуры	Как описывается в PDB-файле	Как описывается программой DSSP
альфа-спирали	35(His)-49(Asp) 90(Asp)-102(Glu) 123(Asp)-135(Lys)	36(Pro)-47(Lys) 91(Glu)-101(Ile) 124(Asp)-134(Gln)
3₁₀ альфа-спирали	103(His)-105(Leu)	102(Asp)-104(His)
бета-листы	52(Leu)-55(Glu);59(Gly)-62(Leu)	52(Leu)-55(Glu);59(Gly)-62(Leu)

DSSP так же описывает повороты, например, 56(Lys)-58(Arg)

Карта бета-листа, полученная с помощью программы SheeP

Программа построила карту одного из бета-листов (рис.2)

Рис.2 Карта бета-листа, полученная с помощью программы SheeP. Число строк на карте соответствует числу тяжей в бета-листе, тут их два. Один столбец карты соответствует одному гребню β-листа.

Рис.3 β-лист соответствующий карте

Соответствие гребней столбцам на карте в структуре белка показано на рис.4

Рис.4 Соответствие гребней остаткам в структуре. Показаны соответвенными цветами остатки двух столбцов карты: красного Tyr54;Leu60 и желтого Ile53;Val61.

Водородные связи в бета-листе (отображены синим)